More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_04340 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  92.67 
 
 
423 aa  692    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  100 
 
 
423 aa  798    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.41 
 
 
439 aa  179  9e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.41 
 
 
450 aa  170  5e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  28.05 
 
 
432 aa  142  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  37.65 
 
 
423 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.9 
 
 
430 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  27.36 
 
 
432 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.86 
 
 
417 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
440 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
440 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.79 
 
 
440 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.84 
 
 
417 aa  133  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.01 
 
 
435 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
429 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.22 
 
 
430 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
286 aa  110  5e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 
429 aa  100  5e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
289 aa  97.1  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
431 aa  96.7  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.43 
 
 
298 aa  95.5  2e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
300 aa  95.5  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.82 
 
 
326 aa  92.4  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  28.72 
 
 
302 aa  92.8  1e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  27.66 
 
 
440 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.44 
 
 
295 aa  90.9  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
302 aa  90.5  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
305 aa  89.4  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
326 aa  88.2  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
294 aa  85.9  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.58 
 
 
326 aa  85.1  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.03 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
306 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
298 aa  82  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
296 aa  79.7  0.00000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.79 
 
 
306 aa  79  0.0000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.64 
 
 
329 aa  78.6  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
431 aa  78.2  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.97 
 
 
389 aa  76.6  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.12 
 
 
424 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
381 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.08 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.7 
 
 
308 aa  74.7  0.000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.61 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.36 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.88 
 
 
321 aa  72.8  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.88 
 
 
412 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.06 
 
 
442 aa  72.4  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
321 aa  72  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
301 aa  71.2  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.42 
 
 
512 aa  71.6  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  27.36 
 
 
302 aa  70.9  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.27 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
309 aa  70.9  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  29.44 
 
 
389 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
312 aa  69.7  0.00000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.65 
 
 
287 aa  69.7  0.00000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  29.03 
 
 
389 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
294 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.39 
 
 
323 aa  68.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  28.09 
 
 
294 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  26.18 
 
 
327 aa  68.2  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3080  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
328 aa  68.6  0.0000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869195 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.91 
 
 
306 aa  68.6  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.39 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  24.48 
 
 
375 aa  67.8  0.0000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.67 
 
 
412 aa  67.4  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  33.52 
 
 
334 aa  67  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3487  NmrA family protein  31.6 
 
 
498 aa  66.2  0.0000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.19435  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.43 
 
 
321 aa  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.52 
 
 
345 aa  65.5  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
309 aa  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0462  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.47 
 
 
296 aa  63.9  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.527248  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  32.16 
 
 
325 aa  63.5  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.32 
 
 
299 aa  63.5  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3741  hypothetical protein  24.8 
 
 
470 aa  63.2  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.78 
 
 
314 aa  63.2  0.000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  30.61 
 
 
328 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  29.91 
 
 
321 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05895  hypothetical protein  25.52 
 
 
473 aa  62.8  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.41 
 
 
305 aa  63.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0008  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
311 aa  62.8  0.00000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.97826 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0898  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.39 
 
 
476 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.668207 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  30.3 
 
 
334 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
305 aa  62  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.59 
 
 
321 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  30.3 
 
 
334 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.59 
 
 
321 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.98 
 
 
316 aa  61.6  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.59 
 
 
321 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  25.75 
 
 
317 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  25.32 
 
 
317 aa  62  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.02 
 
 
321 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.59 
 
 
321 aa  62  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.91 
 
 
353 aa  61.2  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7062  NmrA family protein  29.83 
 
 
512 aa  61.2  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 
320 aa  61.6  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>