More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2437 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
431 aa  817    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.89 
 
 
442 aa  266  5.999999999999999e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.53 
 
 
424 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.9 
 
 
430 aa  215  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.9 
 
 
412 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.07 
 
 
431 aa  199  7e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
429 aa  194  2e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  33.48 
 
 
440 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.28 
 
 
429 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  27.46 
 
 
432 aa  142  1.9999999999999998e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  27 
 
 
432 aa  140  6e-32  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.61 
 
 
194 aa  140  6e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.48 
 
 
450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
439 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  31.26 
 
 
423 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
286 aa  110  6e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.15 
 
 
435 aa  108  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.24 
 
 
417 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.99 
 
 
289 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
440 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
440 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.14 
 
 
440 aa  98.6  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
417 aa  97.4  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.56 
 
 
300 aa  96.7  7e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  33.89 
 
 
423 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.62 
 
 
291 aa  90.9  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  32.21 
 
 
423 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.58 
 
 
287 aa  86.7  7e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  32.49 
 
 
297 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
318 aa  84.3  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.08 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.62 
 
 
316 aa  82.4  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.53 
 
 
320 aa  80.5  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.04 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.3 
 
 
430 aa  80.5  0.00000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
298 aa  78.2  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  28.51 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
309 aa  77.4  0.0000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  24.16 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.16 
 
 
338 aa  77.4  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.38 
 
 
329 aa  76.6  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  28.85 
 
 
327 aa  76.3  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.48 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  30.29 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  28.48 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.06 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1311  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
218 aa  73.9  0.000000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.545731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
381 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  26.07 
 
 
317 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.41 
 
 
336 aa  72  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.08 
 
 
306 aa  72.4  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.83 
 
 
295 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  25.64 
 
 
317 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.9 
 
 
389 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.23 
 
 
328 aa  69.3  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
294 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.75 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
318 aa  68.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
304 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.09 
 
 
319 aa  67.8  0.0000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 
321 aa  67.8  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
295 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.27 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.86 
 
 
320 aa  67  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  24.03 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.48 
 
 
305 aa  67  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  28.77 
 
 
334 aa  66.6  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  28.77 
 
 
334 aa  66.6  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 
301 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.55 
 
 
298 aa  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.96 
 
 
307 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
323 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.99 
 
 
302 aa  64.7  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.79 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.34 
 
 
335 aa  64.3  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  24 
 
 
302 aa  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
319 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.86 
 
 
319 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  27.27 
 
 
328 aa  63.9  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.27 
 
 
328 aa  63.9  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  29.9 
 
 
389 aa  63.9  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2575  NmrA family protein  30.86 
 
 
295 aa  63.5  0.000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.71 
 
 
332 aa  63.5  0.000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.5 
 
 
327 aa  63.2  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.39 
 
 
312 aa  63.2  0.000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.06 
 
 
316 aa  62.8  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  24.49 
 
 
316 aa  62  0.00000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.12 
 
 
330 aa  62  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.85 
 
 
296 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  28.57 
 
 
334 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
312 aa  61.2  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.3 
 
 
309 aa  61.6  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.49 
 
 
294 aa  60.8  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.12 
 
 
301 aa  61.2  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.21 
 
 
305 aa  60.8  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  31.42 
 
 
319 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  29.65 
 
 
389 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  30.11 
 
 
318 aa  60.8  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>