More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3711 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
429 aa  842    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.37 
 
 
429 aa  498  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.58 
 
 
430 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
431 aa  277  3e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  36.99 
 
 
440 aa  239  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.1 
 
 
442 aa  216  8e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.44 
 
 
424 aa  208  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.83 
 
 
412 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  28.34 
 
 
432 aa  176  7e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  28.8 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 
431 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
430 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  33.49 
 
 
423 aa  158  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
450 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.63 
 
 
435 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
440 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
440 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.19 
 
 
440 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
417 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
417 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
439 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.75 
 
 
194 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.4 
 
 
300 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
286 aa  132  7.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
305 aa  120  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.21 
 
 
289 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
318 aa  106  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
318 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  30.12 
 
 
423 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
309 aa  98.6  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  30.25 
 
 
327 aa  95.9  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  27.83 
 
 
320 aa  95.9  1e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.85 
 
 
318 aa  95.9  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.94 
 
 
295 aa  95.5  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  29.68 
 
 
423 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
291 aa  94.4  4e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
295 aa  94  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
296 aa  94  4e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  22.33 
 
 
316 aa  92.8  1e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  29.29 
 
 
320 aa  92.8  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
312 aa  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.41 
 
 
316 aa  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.66 
 
 
294 aa  92  2e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
303 aa  91.3  3e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.64 
 
 
298 aa  91.3  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.3 
 
 
306 aa  90.9  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.18 
 
 
389 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.16 
 
 
301 aa  90.1  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.02 
 
 
294 aa  89.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
340 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
306 aa  89.4  1e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  30.43 
 
 
334 aa  89  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  33.53 
 
 
334 aa  88.6  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  28.74 
 
 
317 aa  89  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  29.46 
 
 
317 aa  87.8  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
381 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
308 aa  87.4  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27.88 
 
 
329 aa  87.8  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
294 aa  87  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.44 
 
 
340 aa  86.7  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.69 
 
 
299 aa  86.7  8e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  25.09 
 
 
320 aa  85.5  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  28.9 
 
 
297 aa  85.9  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
319 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  32.94 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  30.54 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.52 
 
 
326 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.31 
 
 
296 aa  84  0.000000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  29.63 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.63 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.18 
 
 
319 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.3 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.433346  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.34 
 
 
336 aa  82.8  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2034  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
307 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1995  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.93 
 
 
307 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.415724  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
298 aa  82.4  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  29.26 
 
 
294 aa  82.4  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  31.7 
 
 
389 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  25.42 
 
 
302 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.79 
 
 
326 aa  81.3  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.38 
 
 
345 aa  80.9  0.00000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.36 
 
 
309 aa  80.9  0.00000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.56 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  31.42 
 
 
389 aa  80.5  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.88 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
330 aa  80.1  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
302 aa  79.7  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
229 aa  78.6  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.19 
 
 
327 aa  78.6  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.85 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.85 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.85 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.33 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.85 
 
 
320 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  32.26 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.85 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  33.85 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.05 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.85 
 
 
319 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>