182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2076 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
442 aa  884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.67 
 
 
424 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.89 
 
 
431 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.45 
 
 
412 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.41 
 
 
430 aa  237  4e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.1 
 
 
429 aa  226  5.0000000000000005e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.8 
 
 
429 aa  210  5e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.57 
 
 
431 aa  203  4e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  31.08 
 
 
440 aa  180  4.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.03 
 
 
194 aa  149  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  27.97 
 
 
432 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  27.53 
 
 
432 aa  134  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
439 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.56 
 
 
450 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.52 
 
 
417 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.51 
 
 
430 aa  107  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.02 
 
 
417 aa  102  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  27.06 
 
 
423 aa  99.8  8e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.57 
 
 
300 aa  94  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
435 aa  92.8  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
440 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
440 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.33 
 
 
440 aa  87.8  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.57 
 
 
289 aa  87.4  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 
318 aa  85.5  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.67 
 
 
318 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.87 
 
 
305 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.51 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
321 aa  80.9  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.67 
 
 
294 aa  80.5  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.58 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.32 
 
 
286 aa  77  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.55 
 
 
326 aa  75.9  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  30.93 
 
 
316 aa  75.1  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.48 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.51 
 
 
389 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.31 
 
 
345 aa  73.2  0.000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.11 
 
 
287 aa  72.8  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.39 
 
 
320 aa  72.4  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.47 
 
 
312 aa  72  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  30.17 
 
 
389 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  31.3 
 
 
319 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.02 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  29.51 
 
 
317 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  27.56 
 
 
327 aa  71.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  29.2 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.02 
 
 
320 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
302 aa  68.6  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  30.51 
 
 
389 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30 
 
 
321 aa  68.2  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  25.89 
 
 
423 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  23.41 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.41 
 
 
338 aa  67.8  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  29.65 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  31.6 
 
 
319 aa  67  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27 
 
 
297 aa  66.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.6 
 
 
319 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.6 
 
 
319 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.6 
 
 
320 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  31.6 
 
 
319 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  31.6 
 
 
319 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  33.89 
 
 
312 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.63 
 
 
307 aa  65.5  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  30.48 
 
 
325 aa  64.7  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  24 
 
 
302 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.96 
 
 
336 aa  64.7  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  29.82 
 
 
334 aa  64.7  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.13 
 
 
330 aa  64.3  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  26.69 
 
 
318 aa  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  27 
 
 
327 aa  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  30 
 
 
334 aa  63.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.18 
 
 
335 aa  62.8  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.22 
 
 
381 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  27.57 
 
 
320 aa  62.8  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
320 aa  62.4  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.07 
 
 
321 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.03 
 
 
326 aa  62.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  27.96 
 
 
334 aa  62.4  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 
319 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.75 
 
 
319 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.95 
 
 
312 aa  61.6  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
328 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  26.52 
 
 
318 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.27 
 
 
291 aa  60.5  0.00000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  31.34 
 
 
319 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.64 
 
 
328 aa  60.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.64 
 
 
328 aa  60.5  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.7 
 
 
306 aa  60.1  0.00000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
319 aa  60.5  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  24.9 
 
 
366 aa  60.1  0.00000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.75 
 
 
321 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.13 
 
 
294 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.07 
 
 
296 aa  59.3  0.0000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.6 
 
 
301 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 
319 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.85 
 
 
319 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 
295 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  22.27 
 
 
328 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  24.23 
 
 
423 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  22.27 
 
 
328 aa  58.5  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>