More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5337 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  85.34 
 
 
435 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  83.61 
 
 
440 aa  661    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  83.61 
 
 
440 aa  661    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
417 aa  811    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  96.4 
 
 
417 aa  786    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  83.61 
 
 
440 aa  661    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.2 
 
 
430 aa  377  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.87 
 
 
439 aa  282  9e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.08 
 
 
450 aa  279  9e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  42.76 
 
 
423 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  32.71 
 
 
432 aa  226  6e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  32.71 
 
 
432 aa  224  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.51 
 
 
300 aa  188  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.79 
 
 
289 aa  170  4e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.65 
 
 
431 aa  161  2e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
305 aa  159  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.24 
 
 
429 aa  147  5e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
429 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
430 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.91 
 
 
286 aa  134  3.9999999999999996e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  32.55 
 
 
423 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  31.84 
 
 
423 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  31.72 
 
 
297 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
303 aa  103  8e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.03 
 
 
299 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.89 
 
 
291 aa  102  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
309 aa  100  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
298 aa  100  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
424 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.36 
 
 
295 aa  96.7  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
287 aa  95.1  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.54 
 
 
306 aa  94  4e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
295 aa  94  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  28.11 
 
 
440 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.62 
 
 
308 aa  94  5e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.62 
 
 
309 aa  93.2  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.48 
 
 
294 aa  92.4  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
294 aa  91.3  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.02 
 
 
442 aa  91.3  3e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.82 
 
 
309 aa  91.3  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 
298 aa  90.9  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.31 
 
 
318 aa  90.1  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1654  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.7 
 
 
305 aa  88.6  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.655749  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.84 
 
 
302 aa  87.8  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.38 
 
 
296 aa  87.4  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.07 
 
 
306 aa  86.7  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.18 
 
 
312 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
431 aa  84.3  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.06 
 
 
194 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 
296 aa  83.2  0.000000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.83 
 
 
318 aa  82.4  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.62 
 
 
316 aa  82.8  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.47 
 
 
412 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.07 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
319 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
308 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
316 aa  77.4  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  28.47 
 
 
334 aa  76.6  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  27.34 
 
 
338 aa  76.3  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
338 aa  76.3  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
294 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  27.43 
 
 
302 aa  76.3  0.000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  30 
 
 
294 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0229  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.2 
 
 
506 aa  75.5  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.287512 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.44 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  27.65 
 
 
334 aa  74.7  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
340 aa  74.3  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.18 
 
 
340 aa  74.3  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  24.44 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
326 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.82 
 
 
316 aa  72.8  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
328 aa  72.4  0.00000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.47 
 
 
326 aa  72  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  25.55 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.47 
 
 
329 aa  72  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
301 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
322 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  23.73 
 
 
316 aa  71.6  0.00000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
305 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.36 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  24.23 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.39 
 
 
307 aa  70.9  0.00000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  19.63 
 
 
289 aa  70.5  0.00000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.257288 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.13 
 
 
326 aa  70.1  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  25.76 
 
 
328 aa  68.9  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  30.39 
 
 
321 aa  68.9  0.0000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
319 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32 
 
 
319 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.76 
 
 
328 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4565  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
298 aa  68.9  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  29.69 
 
 
334 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.38 
 
 
319 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  29.61 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  32.23 
 
 
319 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.49 
 
 
319 aa  67  0.0000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  30.67 
 
 
328 aa  67  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.41 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.19 
 
 
389 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>