More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3852 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
430 aa  862    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.56 
 
 
417 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.2 
 
 
417 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.69 
 
 
435 aa  362  6e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.58 
 
 
440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.58 
 
 
440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.58 
 
 
440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.69 
 
 
450 aa  296  4e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  43.97 
 
 
423 aa  278  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.91 
 
 
439 aa  272  1e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  29.18 
 
 
432 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  28.94 
 
 
432 aa  188  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.86 
 
 
300 aa  167  4e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.5 
 
 
429 aa  163  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.87 
 
 
431 aa  157  4e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.52 
 
 
289 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.42 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.12 
 
 
429 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  30.99 
 
 
423 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
298 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.23 
 
 
430 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.53 
 
 
286 aa  124  3e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  30.9 
 
 
423 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.63 
 
 
291 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.33 
 
 
308 aa  111  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  30.69 
 
 
327 aa  99  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.65 
 
 
294 aa  97.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
309 aa  96.3  8e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.88 
 
 
309 aa  95.1  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  0.0000370596 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
306 aa  95.1  2e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.39 
 
 
301 aa  94.4  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.51 
 
 
442 aa  94  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
295 aa  93.6  5e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.11 
 
 
326 aa  93.6  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.27 
 
 
295 aa  93.2  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27.46 
 
 
297 aa  92.8  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
309 aa  92.4  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.67 
 
 
194 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  34.22 
 
 
328 aa  92  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  28.57 
 
 
320 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.78 
 
 
306 aa  90.1  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.66 
 
 
329 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27 
 
 
316 aa  87.8  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
326 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.46 
 
 
294 aa  87.4  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
299 aa  87.4  4e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.97 
 
 
308 aa  87  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  25.42 
 
 
340 aa  87  6e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.28 
 
 
296 aa  85.9  0.000000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
303 aa  85.5  0.000000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.09 
 
 
294 aa  85.5  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.9 
 
 
287 aa  84  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  27.27 
 
 
302 aa  83.6  0.000000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  27.54 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
328 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.92 
 
 
316 aa  83.2  0.000000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.23 
 
 
319 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30 
 
 
321 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.86 
 
 
319 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  26.26 
 
 
328 aa  82  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.92 
 
 
318 aa  82  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  26.26 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.24 
 
 
326 aa  81.3  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  27.88 
 
 
340 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.97 
 
 
328 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  28.52 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
424 aa  80.9  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  22.94 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.34 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
318 aa  80.1  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.16 
 
 
340 aa  80.1  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  26.8 
 
 
318 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.57 
 
 
321 aa  79.3  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.18 
 
 
316 aa  79.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  30.22 
 
 
317 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 
319 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  28.19 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.16 
 
 
321 aa  77.8  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  30.66 
 
 
319 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  29.03 
 
 
334 aa  77  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.29 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.33 
 
 
302 aa  77  0.0000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.47 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  28.57 
 
 
334 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  30.7 
 
 
317 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.22 
 
 
512 aa  76.3  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.23 
 
 
307 aa  75.5  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  28.02 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  26.01 
 
 
320 aa  75.1  0.000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  32.98 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.53 
 
 
328 aa  75.5  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.55 
 
 
321 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  29.24 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.05 
 
 
345 aa  73.6  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.45 
 
 
389 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  29.52 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>