More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1481 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
305 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  50.5 
 
 
300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.67 
 
 
289 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.7 
 
 
435 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
440 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
417 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
440 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
440 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.67 
 
 
417 aa  159  6e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.24 
 
 
439 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.71 
 
 
450 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  31.23 
 
 
432 aa  150  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  31.23 
 
 
432 aa  150  4e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  38.31 
 
 
423 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.42 
 
 
430 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.02 
 
 
431 aa  123  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.55 
 
 
429 aa  122  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.48 
 
 
429 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.31 
 
 
286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
319 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.4 
 
 
319 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
319 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
302 aa  99  8e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.06 
 
 
319 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  31.71 
 
 
319 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
318 aa  96.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.46 
 
 
430 aa  96.3  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  31.79 
 
 
334 aa  95.1  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  31.19 
 
 
334 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  29.9 
 
 
334 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.69 
 
 
318 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
291 aa  90.9  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.26 
 
 
316 aa  89.7  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  30.88 
 
 
318 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
308 aa  88.2  1e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
319 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.67 
 
 
312 aa  87  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.65 
 
 
318 aa  87  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.6 
 
 
319 aa  85.9  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.68 
 
 
381 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  29.97 
 
 
317 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.75 
 
 
320 aa  85.9  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.6 
 
 
287 aa  85.5  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  30.56 
 
 
329 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.24 
 
 
303 aa  85.1  0.000000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  31.1 
 
 
423 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  29.97 
 
 
317 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  30.92 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  33.33 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.54 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.13 
 
 
316 aa  83.2  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  27.63 
 
 
297 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.85 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.82 
 
 
328 aa  80.5  0.00000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.42 
 
 
309 aa  80.5  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.45 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.45 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  33.45 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.45 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  33.45 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  33.45 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.36 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  33.45 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.15 
 
 
340 aa  79.3  0.00000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  25.87 
 
 
328 aa  79.3  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  32.64 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.6 
 
 
296 aa  79  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  25.87 
 
 
328 aa  78.6  0.0000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  29.23 
 
 
423 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.88 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.22 
 
 
194 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.08 
 
 
294 aa  77.4  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.23 
 
 
319 aa  77  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.97 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.12 
 
 
389 aa  75.5  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.77 
 
 
308 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.91 
 
 
229 aa  74.3  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.78 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.39 
 
 
295 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.56 
 
 
305 aa  73.6  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  29.65 
 
 
321 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.37 
 
 
424 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.8 
 
 
306 aa  73.2  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  29.12 
 
 
389 aa  72.8  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  27.09 
 
 
316 aa  72.8  0.000000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  28.27 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
412 aa  72.4  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.9 
 
 
321 aa  72.4  0.000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.04 
 
 
295 aa  72  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.87 
 
 
442 aa  70.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  25.63 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  29.12 
 
 
389 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 
321 aa  70.9  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  29.28 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.12 
 
 
316 aa  70.5  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.32 
 
 
294 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.17 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>