146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0265 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0265  hypothetical protein  100 
 
 
440 aa  860    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.803831 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3711  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
429 aa  239  5e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.712619  normal  0.892725 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3423  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.65 
 
 
430 aa  216  7e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.53 
 
 
429 aa  212  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1880  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
431 aa  196  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2786  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.77 
 
 
424 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0560564  normal  0.509097 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2076  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.08 
 
 
442 aa  173  6.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.106367  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.26 
 
 
431 aa  168  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0181526  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2527  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.66 
 
 
412 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1265  hypothetical protein  23.57 
 
 
432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1264  hypothetical protein  23.34 
 
 
432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1438  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
450 aa  107  5e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.892104 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4795  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.89 
 
 
417 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.682348 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5409  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
440 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
440 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4817  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 
440 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.896318 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.9 
 
 
439 aa  94  5e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5337  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
417 aa  94  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.306348  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0199  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.61 
 
 
435 aa  91.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.55 
 
 
194 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521962  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  30.45 
 
 
297 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000112867  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0425  hypothetical protein  28.02 
 
 
423 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.1 
 
 
309 aa  75.5  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04340  hypothetical protein  26.3 
 
 
423 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1940  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.22 
 
 
300 aa  74.3  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.022517 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.77 
 
 
381 aa  73.2  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1933  hypothetical protein  26.4 
 
 
423 aa  72  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.497125  normal  0.363936 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  24.71 
 
 
302 aa  71.6  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.8 
 
 
286 aa  72.4  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4632  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
289 aa  71.6  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000061436 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.81 
 
 
294 aa  70.5  0.00000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.81 
 
 
305 aa  68.6  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.245383 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.29 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3852  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.89 
 
 
430 aa  66.6  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.332822  normal  0.575046 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
306 aa  65.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.07 
 
 
321 aa  64.7  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000270425 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.8 
 
 
302 aa  65.1  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  30.61 
 
 
307 aa  64.3  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  25.58 
 
 
316 aa  63.9  0.000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
312 aa  63.9  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  28.12 
 
 
334 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.44 
 
 
295 aa  62.4  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.16 
 
 
318 aa  62  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  27.73 
 
 
334 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.54 
 
 
287 aa  62  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000016396  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
326 aa  61.6  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.05 
 
 
295 aa  61.6  0.00000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  27.04 
 
 
320 aa  60.8  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  28.04 
 
 
318 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.63 
 
 
321 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.97 
 
 
303 aa  60.1  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  26.64 
 
 
317 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.04 
 
 
318 aa  60.1  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
512 aa  60.1  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.17 
 
 
306 aa  60.1  0.00000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.33 
 
 
321 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.7 
 
 
320 aa  59.3  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.32 
 
 
338 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  24.32 
 
 
338 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.55 
 
 
326 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.34 
 
 
309 aa  58.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  28.44 
 
 
321 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.88 
 
 
294 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  24.88 
 
 
320 aa  57.8  0.0000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.93 
 
 
301 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000631185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  26.23 
 
 
317 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.86 
 
 
329 aa  57  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.75 
 
 
294 aa  57  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.41 
 
 
323 aa  56.6  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  29.65 
 
 
327 aa  56.6  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  28.46 
 
 
334 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  22.6 
 
 
320 aa  56.2  0.000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.47 
 
 
349 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.28 
 
 
316 aa  56.2  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0487  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.52 
 
 
305 aa  55.8  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00126012  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  25 
 
 
345 aa  55.1  0.000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  26.32 
 
 
340 aa  54.7  0.000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.08 
 
 
321 aa  55.1  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  24.32 
 
 
302 aa  54.3  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
302 aa  53.9  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.09 
 
 
353 aa  53.9  0.000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.99 
 
 
321 aa  53.9  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0157  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.32 
 
 
326 aa  53.5  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000218299  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  26.83 
 
 
411 aa  53.5  0.000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.07 
 
 
389 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
229 aa  52.8  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
296 aa  51.6  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.66 
 
 
296 aa  52  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  26.84 
 
 
326 aa  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  27.21 
 
 
328 aa  51.2  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  0.000000612217 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.09 
 
 
310 aa  51.2  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.22 
 
 
291 aa  51.2  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.95 
 
 
319 aa  50.4  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 
352 aa  50.4  0.00006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.9 
 
 
327 aa  50.1  0.00007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.64 
 
 
330 aa  49.7  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.48 
 
 
308 aa  50.1  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.21 
 
 
320 aa  50.1  0.00009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  28.26 
 
 
381 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
301 aa  49.3  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>