More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3555 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
378 aa  776    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  77.93 
 
 
386 aa  588  1e-167  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.65 
 
 
378 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.23 
 
 
379 aa  536  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.23 
 
 
383 aa  534  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.68 
 
 
383 aa  531  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.35 
 
 
384 aa  528  1e-149  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.29 
 
 
378 aa  526  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.52 
 
 
379 aa  527  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.98 
 
 
377 aa  521  1e-147  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.35 
 
 
383 aa  523  1e-147  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.48 
 
 
379 aa  523  1e-147  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.17 
 
 
377 aa  520  1e-146  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.51 
 
 
376 aa  509  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 
376 aa  509  1e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.39 
 
 
376 aa  506  9.999999999999999e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.68 
 
 
376 aa  507  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.77 
 
 
376 aa  503  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.04 
 
 
377 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.07 
 
 
380 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.23 
 
 
380 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  64 
 
 
377 aa  491  1e-137  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.61 
 
 
377 aa  490  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.27 
 
 
377 aa  484  1e-136  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.4 
 
 
377 aa  486  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.77 
 
 
382 aa  484  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.03 
 
 
380 aa  476  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.36 
 
 
376 aa  472  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.53 
 
 
380 aa  473  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.16 
 
 
376 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.53 
 
 
388 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.98 
 
 
376 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.4 
 
 
376 aa  470  1.0000000000000001e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.54 
 
 
376 aa  464  1e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.5 
 
 
374 aa  460  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.64 
 
 
375 aa  454  1e-127  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.87 
 
 
371 aa  449  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.58 
 
 
376 aa  442  1e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.57 
 
 
414 aa  438  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.24 
 
 
387 aa  432  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.51 
 
 
375 aa  434  1e-120  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.82 
 
 
371 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.86 
 
 
370 aa  412  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.68 
 
 
395 aa  412  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
373 aa  410  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.87 
 
 
374 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.67 
 
 
370 aa  408  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.27 
 
 
385 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.03 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.77 
 
 
355 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.5 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.77 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.77 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.77 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.75 
 
 
377 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.46 
 
 
367 aa  401  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
377 aa  404  1e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.55 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.19 
 
 
374 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 
373 aa  398  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.45 
 
 
374 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.22 
 
 
385 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.19 
 
 
374 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1347  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.31 
 
 
372 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 
375 aa  396  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.62 
 
 
370 aa  397  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  56.02 
 
 
371 aa  396  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.21 
 
 
370 aa  391  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.1 
 
 
371 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.89 
 
 
372 aa  392  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.1 
 
 
371 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.75 
 
 
378 aa  393  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.2 
 
 
372 aa  390  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  52.2 
 
 
382 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.09 
 
 
370 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.22 
 
 
370 aa  389  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 
374 aa  390  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 
377 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.19 
 
 
387 aa  388  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.68 
 
 
370 aa  388  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1567  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.89 
 
 
390 aa  388  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 
375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 
375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.67 
 
 
369 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.5 
 
 
369 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 
375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3733  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.42 
 
 
375 aa  386  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.812012  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 
375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.62 
 
 
371 aa  387  1e-106  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.95 
 
 
372 aa  386  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.58 
 
 
369 aa  385  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.63 
 
 
379 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
371 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
377 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1615  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.8 
 
 
376 aa  381  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.214462  normal  0.361776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>