More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_2191 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
371 aa  763    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.58 
 
 
380 aa  564  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.03 
 
 
388 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 
376 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 
376 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.53 
 
 
379 aa  496  1e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.65 
 
 
376 aa  494  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.22 
 
 
380 aa  490  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.76 
 
 
376 aa  486  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.93 
 
 
376 aa  486  1e-136  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.33 
 
 
374 aa  483  1e-135  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.49 
 
 
375 aa  481  1e-135  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.46 
 
 
383 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.75 
 
 
383 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.17 
 
 
414 aa  465  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.46 
 
 
379 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.45 
 
 
376 aa  459  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.78 
 
 
376 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.06 
 
 
376 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.26 
 
 
386 aa  453  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.87 
 
 
378 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.22 
 
 
376 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.89 
 
 
379 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.5 
 
 
378 aa  444  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.02 
 
 
376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.45 
 
 
384 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.82 
 
 
383 aa  443  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.61 
 
 
378 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.1 
 
 
377 aa  442  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.89 
 
 
375 aa  442  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.1 
 
 
377 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 
370 aa  438  9.999999999999999e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.61 
 
 
377 aa  436  1e-121  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.22 
 
 
380 aa  421  1e-117  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.43 
 
 
373 aa  421  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.33 
 
 
382 aa  417  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.58 
 
 
377 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.82 
 
 
377 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.2 
 
 
395 aa  416  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.89 
 
 
372 aa  412  1e-114  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.1 
 
 
377 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.59 
 
 
371 aa  412  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.38 
 
 
380 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.43 
 
 
372 aa  413  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.1 
 
 
377 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  56.2 
 
 
371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.37 
 
 
371 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.14 
 
 
355 aa  404  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.1 
 
 
380 aa  404  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
370 aa  402  1e-111  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.67 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.67 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.67 
 
 
374 aa  402  1e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.26 
 
 
383 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.76 
 
 
373 aa  401  9.999999999999999e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.46 
 
 
385 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
374 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
387 aa  396  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.87 
 
 
386 aa  397  1e-109  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.37 
 
 
377 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.18 
 
 
376 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
374 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.44 
 
 
381 aa  395  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.82 
 
 
381 aa  396  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.55 
 
 
370 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.09 
 
 
375 aa  395  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.79 
 
 
385 aa  395  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.82 
 
 
377 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
372 aa  392  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.85 
 
 
374 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.82 
 
 
371 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.57 
 
 
377 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.1 
 
 
377 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.85 
 
 
374 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.85 
 
 
374 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.72 
 
 
374 aa  392  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0144  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.23 
 
 
384 aa  394  1e-108  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0518824  decreased coverage  0.000581764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.99 
 
 
377 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
375 aa  392  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.02 
 
 
387 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.49 
 
 
374 aa  391  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.85 
 
 
374 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
374 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.99 
 
 
371 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
375 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.99 
 
 
377 aa  391  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
375 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.93 
 
 
379 aa  389  1e-107  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.17 
 
 
377 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.02 
 
 
374 aa  389  1e-107  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
375 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.17 
 
 
374 aa  391  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>