More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2451 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 376 aa  772    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.3 
 
 		 376 aa  695    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.3 
 
 		 376 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  83.65 
 
 		 376 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.61 
 
 		 377 aa  616  1e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.88 
 
 		 383 aa  616  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.55 
 
 		 377 aa  614  1e-175  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  78.4 
 
 		 376 aa  616  1e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.47 
 
 		 379 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.2 
 
 		 383 aa  587  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.82 
 
 		 383 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.81 
 
 		 378 aa  574  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.81 
 
 		 378 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.85 
 
 		 377 aa  572  1.0000000000000001e-162  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.84 
 
 		 379 aa  569  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.09 
 
 		 384 aa  552  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.27 
 
 		 379 aa  530  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.3 
 
 		 386 aa  509  1e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.68 
 
 		 378 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.49 
 
 		 377 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.49 
 
 		 382 aa  502  1e-141  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.86 
 
 		 377 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.83 
 
 		 377 aa  496  1e-139  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.64 
 
 		 380 aa  495  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.16 
 
 		 377 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.1 
 
 		 376 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 380 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.9 
 
 		 376 aa  491  9.999999999999999e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.88 
 
 		 376 aa  492  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.1 
 
 		 388 aa  492  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.37 
 
 		 376 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 380 aa  491  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.47 
 
 		 376 aa  476  1e-133  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.08 
 
 		 375 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.33 
 
 		 387 aa  451  1.0000000000000001e-126  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.52 
 
 		 380 aa  454  1.0000000000000001e-126  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.22 
 
 		 371 aa  449  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.01 
 
 		 374 aa  450  1e-125  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 		 376 aa  441  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.38 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.49 
 
 		 375 aa  424  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.77 
 
 		 370 aa  398  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.34 
 
 		 371 aa  395  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.79 
 
 		 385 aa  393  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.34 
 
 		 370 aa  394  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.87 
 
 		 387 aa  394  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.09 
 
 		 371 aa  394  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  54.06 
 
 		 371 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1347  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.68 
 
 		 372 aa  390  1e-107  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.5 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.66 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.94 
 
 		 381 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.88 
 
 		 378 aa  385  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.47 
 
 		 374 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.11 
 
 		 374 aa  386  1e-106  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 381 aa  385  1e-106  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.47 
 
 		 374 aa  386  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 381 aa  386  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.65 
 
 		 377 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.47 
 
 		 374 aa  386  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.34 
 
 		 387 aa  385  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  52.33 
 
 		 382 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  48.77 
 
 		 375 aa  383  1e-105  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.65 
 
 		 377 aa  384  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.97 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.15 
 
 		 373 aa  381  1e-105  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.82 
 
 		 370 aa  384  1e-105  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.35 
 
 		 374 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.22 
 
 		 373 aa  383  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.07 
 
 		 373 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.16 
 
 		 376 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.42 
 
 		 370 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.74 
 
 		 385 aa  383  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.97 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.04 
 
 		 379 aa  383  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.04 
 
 		 383 aa  383  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.43 
 
 		 395 aa  383  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.09 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.38 
 
 		 373 aa  379  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.09 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.68 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.09 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.82 
 
 		 376 aa  380  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.67 
 
 		 371 aa  381  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 		 355 aa  381  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.09 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  50 
 
 		 394 aa  380  1e-104  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.79 
 
 		 377 aa  380  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.09 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.79 
 
 		 386 aa  378  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.97 
 
 		 374 aa  378  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.97 
 
 		 375 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.09 
 
 		 377 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 375 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.67 
 
 		 371 aa  381  1e-104  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.69 
 
 		 372 aa  380  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>