More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2603 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.49 
 
 		 377 aa  635    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.84 
 
 		 382 aa  635    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  94.74 
 
 		 380 aa  733    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.04 
 
 		 377 aa  690    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 		 380 aa  775    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  82.23 
 
 		 377 aa  642    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  89.66 
 
 		 377 aa  703    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.47 
 
 		 377 aa  523  1e-147  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.21 
 
 		 377 aa  521  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.66 
 
 		 384 aa  518  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.02 
 
 		 383 aa  519  1e-146  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.89 
 
 		 376 aa  513  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.2 
 
 		 383 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.12 
 
 		 379 aa  508  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.6 
 
 		 383 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.32 
 
 		 376 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.12 
 
 		 379 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.07 
 
 		 378 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.3 
 
 		 376 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.17 
 
 		 376 aa  491  1e-137  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.76 
 
 		 386 aa  481  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.37 
 
 		 376 aa  482  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.68 
 
 		 377 aa  476  1e-133  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.34 
 
 		 378 aa  472  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.27 
 
 		 379 aa  474  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  63 
 
 		 378 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  60 
 
 		 376 aa  439  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.49 
 
 		 376 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.78 
 
 		 388 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.19 
 
 		 376 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.46 
 
 		 376 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.58 
 
 		 380 aa  435  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.24 
 
 		 376 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.65 
 
 		 380 aa  421  1e-117  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.84 
 
 		 375 aa  421  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.31 
 
 		 374 aa  415  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.38 
 
 		 371 aa  414  1e-114  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.26 
 
 		 387 aa  408  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.7 
 
 		 373 aa  408  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.22 
 
 		 376 aa  403  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.97 
 
 		 414 aa  404  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.18 
 
 		 370 aa  404  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.06 
 
 		 387 aa  398  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.74 
 
 		 387 aa  399  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.03 
 
 		 376 aa  397  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.7 
 
 		 377 aa  393  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.95 
 
 		 370 aa  392  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.77 
 
 		 382 aa  389  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.96 
 
 		 376 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 		 374 aa  389  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.65 
 
 		 374 aa  390  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.04 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 		 381 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 		 374 aa  389  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.06 
 
 		 374 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 		 374 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 		 374 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.87 
 
 		 371 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 		 374 aa  388  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 		 381 aa  389  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.43 
 
 		 374 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.31 
 
 		 370 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 		 375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.24 
 
 		 385 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.7 
 
 		 374 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 		 375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.7 
 
 		 374 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.43 
 
 		 374 aa  387  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 394 aa  386  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  55.87 
 
 		 371 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.31 
 
 		 377 aa  387  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.89 
 
 		 377 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.68 
 
 		 375 aa  388  1e-106  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 		 375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 397 aa  386  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 		 374 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.7 
 
 		 374 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 		 397 aa  385  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 		 375 aa  385  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.7 
 
 		 374 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.76 
 
 		 373 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.7 
 
 		 374 aa  384  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.37 
 
 		 472 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.64 
 
 		 397 aa  384  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.86 
 
 		 372 aa  383  1e-105  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.52 
 
 		 377 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 		 375 aa  382  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.48 
 
 		 374 aa  384  1e-105  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2525  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.56 
 
 		 400 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 		 383 aa  384  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.52 
 
 		 372 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.63 
 
 		 372 aa  383  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 		 375 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.78 
 
 		 374 aa  382  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.52 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>