More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2619 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
373 aa  775    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  85.25 
 
 
370 aa  660    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.41 
 
 
371 aa  597  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.58 
 
 
372 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.58 
 
 
372 aa  579  1e-164  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.86 
 
 
374 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.13 
 
 
380 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.11 
 
 
355 aa  523  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.41 
 
 
375 aa  493  9.999999999999999e-139  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.46 
 
 
372 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.09 
 
 
373 aa  494  9.999999999999999e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.33 
 
 
374 aa  485  1e-136  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.51 
 
 
373 aa  478  1e-134  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.31 
 
 
379 aa  479  1e-134  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.88 
 
 
369 aa  475  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.64 
 
 
371 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.83 
 
 
370 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.39 
 
 
386 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.02 
 
 
371 aa  465  9.999999999999999e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.87 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.21 
 
 
370 aa  464  9.999999999999999e-131  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.67 
 
 
373 aa  464  1e-129  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.58 
 
 
380 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1359  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.19 
 
 
372 aa  459  9.999999999999999e-129  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.000569759  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  60.88 
 
 
371 aa  461  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3134  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
379 aa  457  1e-127  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.212476  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4497  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000628432 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4502  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000575969  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  457  1e-127  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000227158  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4551  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000170513  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4312  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000048864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4150  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000148017  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4161  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000310592  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.86 
 
 
369 aa  455  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4647  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000256565  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4536  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  457  1e-127  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000578318  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4264  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.88 
 
 
379 aa  456  1e-127  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000851523  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.9 
 
 
380 aa  455  1e-127  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.95 
 
 
370 aa  455  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.37 
 
 
370 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.56 
 
 
377 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.77 
 
 
371 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.77 
 
 
371 aa  452  1.0000000000000001e-126  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.74 
 
 
367 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.73 
 
 
376 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0270  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
379 aa  452  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.147453  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
385 aa  450  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.15 
 
 
375 aa  448  1e-125  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 
392 aa  450  1e-125  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.12 
 
 
379 aa  450  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004367  tRNA-guanine transglycosylase  58.36 
 
 
382 aa  451  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2243  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.11 
 
 
375 aa  450  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.68 
 
 
374 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.68 
 
 
374 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.01 
 
 
369 aa  449  1e-125  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.56 
 
 
395 aa  449  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.68 
 
 
374 aa  449  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.12 
 
 
379 aa  450  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.84 
 
 
379 aa  446  1.0000000000000001e-124  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
374 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.66 
 
 
383 aa  445  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.84 
 
 
376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.4 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.68 
 
 
370 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.68 
 
 
377 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.08 
 
 
378 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.07 
 
 
370 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.66 
 
 
383 aa  446  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.69 
 
 
370 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
374 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.49 
 
 
376 aa  446  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.16 
 
 
385 aa  446  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
374 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.2 
 
 
375 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
371 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.42 
 
 
370 aa  444  1e-123  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 
377 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
374 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.13 
 
 
374 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
374 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
377 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
377 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
374 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.5 
 
 
371 aa  442  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
372 aa  444  1e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.4 
 
 
374 aa  443  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.08 
 
 
375 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.06 
 
 
397 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.9 
 
 
382 aa  439  9.999999999999999e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.85 
 
 
374 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.58 
 
 
377 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>