More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3270 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  86.76 
 
 
379 aa  655    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3296  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.38 
 
 
383 aa  756    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3270  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
379 aa  775    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.756074  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3071  queuine tRNA-ribosyltransferase  97.86 
 
 
383 aa  746    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5516  queuine tRNA-ribosyltransferase  80.75 
 
 
378 aa  620  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.575246  normal  0.110297 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2655  queuine tRNA-ribosyltransferase  79.95 
 
 
378 aa  614  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.2 
 
 
376 aa  604  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.42 
 
 
376 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.14 
 
 
376 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2451  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.47 
 
 
376 aa  592  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0606971  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.14 
 
 
384 aa  590  1e-167  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.27 
 
 
383 aa  587  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  76.01 
 
 
376 aa  590  1e-167  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.150936  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  74.73 
 
 
377 aa  584  1e-166  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  74.73 
 
 
377 aa  584  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2335  queuine tRNA-ribosyltransferase  70.98 
 
 
386 aa  540  9.999999999999999e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.0584055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  71.23 
 
 
378 aa  536  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0741  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.92 
 
 
377 aa  534  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.199619  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.38 
 
 
379 aa  525  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2876  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.92 
 
 
377 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1795  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.19 
 
 
377 aa  514  1e-144  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.0000838007  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4363  queuine tRNA-ribosyltransferase  69.11 
 
 
382 aa  513  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2603  queuine tRNA-ribosyltransferase  67.12 
 
 
380 aa  508  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.0104554 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1771  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.85 
 
 
377 aa  509  1e-143  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2869  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.58 
 
 
380 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.48 
 
 
376 aa  498  1e-140  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.2 
 
 
376 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2592  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.59 
 
 
377 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00946662  normal  0.321303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.3 
 
 
388 aa  494  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  66.02 
 
 
380 aa  489  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0770  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.53 
 
 
376 aa  483  1e-135  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.196276 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2520  queuine tRNA-ribosyltransferase  64.99 
 
 
376 aa  480  1e-134  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.783169  normal  0.199825 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  63.79 
 
 
375 aa  475  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.36 
 
 
376 aa  473  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2191  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.46 
 
 
371 aa  467  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.314247 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  65.23 
 
 
374 aa  466  9.999999999999999e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1866  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.64 
 
 
380 aa  468  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.000457262  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1142  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.19 
 
 
387 aa  454  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0133  queuine tRNA-ribosyltransferase  62.83 
 
 
414 aa  456  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.954831  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.78 
 
 
376 aa  435  1e-121  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2187  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.03 
 
 
375 aa  435  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.22 
 
 
387 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.71 
 
 
382 aa  412  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.23 
 
 
395 aa  411  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.5 
 
 
372 aa  408  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.7 
 
 
387 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.39 
 
 
372 aa  410  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.02 
 
 
370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.74 
 
 
370 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.99 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.23 
 
 
370 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.59 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
377 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.43 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.31 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  55.03 
 
 
371 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
374 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.42 
 
 
371 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
374 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
374 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
381 aa  399  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.02 
 
 
370 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.53 
 
 
375 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.87 
 
 
381 aa  401  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.06 
 
 
374 aa  399  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2833  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.4 
 
 
372 aa  399  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.28 
 
 
370 aa  400  9.999999999999999e-111  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.29 
 
 
371 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
374 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
374 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
374 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.15 
 
 
375 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.15 
 
 
375 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.15 
 
 
375 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.9 
 
 
374 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.15 
 
 
375 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.15 
 
 
375 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.07 
 
 
373 aa  395  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.06 
 
 
377 aa  396  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
374 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
375 aa  393  1e-108  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
375 aa  393  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.87 
 
 
379 aa  393  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
375 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01046  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.99 
 
 
378 aa  391  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.79 
 
 
370 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.87 
 
 
379 aa  393  1e-108  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
375 aa  393  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.35 
 
 
370 aa  393  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.74 
 
 
385 aa  394  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
375 aa  393  1e-108  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.93 
 
 
372 aa  392  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
375 aa  393  1e-108  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>