More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1347 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1347  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
372 aa  761    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.4 
 
 
371 aa  432  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
380 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.24 
 
 
375 aa  425  1e-118  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0930  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.44 
 
 
380 aa  427  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
373 aa  426  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
373 aa  423  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.27 
 
 
369 aa  422  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.16 
 
 
370 aa  421  1e-117  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.59 
 
 
374 aa  420  1e-116  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3054  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.31 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0377683  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4502  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000575969  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4312  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000048864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4150  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000148017  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4161  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000310592  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 
379 aa  418  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4647  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000256565  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2247  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.32 
 
 
374 aa  415  9.999999999999999e-116  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929742  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 
379 aa  418  9.999999999999999e-116  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3134  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.32 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.212476  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4551  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000170513  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4536  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000578318  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4497  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000628432 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0699  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
379 aa  415  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000227158  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.04 
 
 
373 aa  414  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.43 
 
 
379 aa  413  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.08 
 
 
370 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.98 
 
 
392 aa  414  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4264  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.78 
 
 
379 aa  414  1e-114  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000851523  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.89 
 
 
374 aa  413  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.8 
 
 
385 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.06 
 
 
380 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.74 
 
 
373 aa  410  1e-113  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.5 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2214  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00238944  normal  0.155586 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40480  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.28 
 
 
371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1187  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.21 
 
 
384 aa  405  1.0000000000000001e-112  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00200873  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.74 
 
 
367 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 
371 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.77 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.04 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.293358  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4621  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.77 
 
 
377 aa  404  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.559921 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1052  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.74 
 
 
377 aa  401  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4271  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.41 
 
 
384 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0374277 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.22 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.91 
 
 
372 aa  403  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.14 
 
 
370 aa  402  1e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.91 
 
 
372 aa  403  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.22 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.35 
 
 
373 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.74 
 
 
382 aa  403  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1891  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.34 
 
 
380 aa  399  9.999999999999999e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.186331  normal  0.7494 
 
 
-
 
NC_004310  BR1091  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.04 
 
 
377 aa  400  9.999999999999999e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.96 
 
 
375 aa  398  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3755  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.65 
 
 
387 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.145582 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.95 
 
 
387 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.97 
 
 
372 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2804  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.99 
 
 
376 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1938  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.35 
 
 
376 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.83 
 
 
375 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.956515 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.97 
 
 
379 aa  399  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2176  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.77 
 
 
383 aa  398  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1495  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.27 
 
 
376 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.474706 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.91 
 
 
394 aa  398  9.999999999999999e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.2 
 
 
375 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 
375 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3555  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.31 
 
 
378 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 
375 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1413  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 
371 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.786795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 
375 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.39 
 
 
379 aa  395  1e-109  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 
375 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0280  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.68 
 
 
375 aa  398  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1752  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.95 
 
 
376 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.543726  normal  0.0577466 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2346  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.05 
 
 
376 aa  397  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.395355  normal  0.213508 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.13 
 
 
387 aa  397  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 
375 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1615  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
376 aa  395  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.214462  normal  0.361776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
372 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0159  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.46 
 
 
382 aa  395  1e-109  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.95405  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0382  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.69 
 
 
357 aa  396  1e-109  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
377 aa  394  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0396  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.96 
 
 
380 aa  394  1e-108  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000954967  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0919  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.55 
 
 
381 aa  392  1e-108  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2795  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.9 
 
 
366 aa  394  1e-108  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1268  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.83 
 
 
376 aa  391  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236624  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1156  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.24 
 
 
388 aa  394  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.10772  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1340  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
376 aa  394  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.20108  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00525  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.01 
 
 
381 aa  391  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.7 
 
 
374 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0019  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.37 
 
 
379 aa  391  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.83 
 
 
374 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.86 
 
 
369 aa  394  1e-108  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1785  queuine tRNA-ribosyltransferase  50.41 
 
 
380 aa  393  1e-108  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0229472  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>