More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_0579 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
370 aa  771    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  75.34 
 
 
371 aa  595  1e-169  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  74.04 
 
 
377 aa  585  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  73.15 
 
 
386 aa  575  1.0000000000000001e-163  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2243  queuine tRNA-ribosyltransferase  72.05 
 
 
375 aa  559  1e-158  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.982522 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2026  queuine tRNA-ribosyltransferase  68.04 
 
 
407 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.56 
 
 
370 aa  472  1e-132  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.83 
 
 
373 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.43 
 
 
372 aa  463  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.14 
 
 
372 aa  461  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.83 
 
 
371 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.01 
 
 
375 aa  450  1e-125  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.73 
 
 
380 aa  450  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0907  queuine tRNA-ribosyltransferase  60 
 
 
372 aa  442  1e-123  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.44 
 
 
373 aa  441  1e-123  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.89 
 
 
395 aa  441  1e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.18 
 
 
355 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  60 
 
 
367 aa  440  9.999999999999999e-123  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  59.17 
 
 
369 aa  436  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3407  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.29 
 
 
370 aa  436  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.38542  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.71 
 
 
373 aa  435  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.1 
 
 
374 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.87 
 
 
369 aa  431  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
373 aa  434  1e-120  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
374 aa  431  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
387 aa  430  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.93 
 
 
379 aa  429  1e-119  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.63 
 
 
379 aa  429  1e-119  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.57 
 
 
374 aa  429  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
374 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00354  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.520405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0436  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1203  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
379 aa  427  1e-118  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.261953  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3227  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000187089 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0325  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.79 
 
 
376 aa  424  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
374 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
374 aa  425  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
374 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3291  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.44 
 
 
381 aa  425  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.83 
 
 
374 aa  427  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0476  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1696  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
379 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1729  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.14 
 
 
379 aa  427  1e-118  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.37523  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
374 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
374 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0486  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  55 
 
 
377 aa  425  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.25 
 
 
374 aa  426  1e-118  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00358  hypothetical protein  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.575633  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  55 
 
 
381 aa  426  1e-118  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
374 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0438  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.11 
 
 
375 aa  427  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0444  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
375 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1606  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.11 
 
 
388 aa  423  1e-117  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.894963  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
374 aa  423  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  55 
 
 
374 aa  421  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
374 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0445  queuine tRNA-ribosyltransferase  55 
 
 
375 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0505  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
375 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0218  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.63 
 
 
376 aa  423  1e-117  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.989201  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.56 
 
 
387 aa  424  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2429  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.68 
 
 
367 aa  423  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
374 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.72 
 
 
377 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0464  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
375 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.992026  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1315  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 
376 aa  422  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.44 
 
 
374 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.7 
 
 
372 aa  421  1e-117  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0451  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
375 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0945287  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.44 
 
 
377 aa  424  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1927  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.62 
 
 
383 aa  418  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000713351  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
397 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
397 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
472 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 
375 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.87 
 
 
370 aa  420  1e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2542  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.96 
 
 
387 aa  418  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.213207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
397 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.52 
 
 
376 aa  421  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1408  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.69 
 
 
387 aa  418  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.971065  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
397 aa  418  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.87 
 
 
381 aa  421  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.17 
 
 
374 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1321  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.11 
 
 
391 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0820  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.4 
 
 
387 aa  417  9.999999999999999e-116  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 
383 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.87 
 
 
367 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
397 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0875  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.72 
 
 
375 aa  417  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.68635  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.79 
 
 
394 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.07 
 
 
397 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.57 
 
 
380 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1406  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.39 
 
 
374 aa  417  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.937214  normal  0.212389 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0931  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.6 
 
 
394 aa  416  9.999999999999999e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1307  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
387 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.99285  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 
383 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.93 
 
 
370 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.28 
 
 
372 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>