More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_0565 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_0565  queuine tRNA-ribosyltransferase  100 
 
 
373 aa  770    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.005662  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1716  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.49 
 
 
371 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.2965  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2619  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.87 
 
 
373 aa  466  9.999999999999999e-131  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2435  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.42 
 
 
372 aa  464  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1782  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.9 
 
 
372 aa  462  1e-129  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00114635 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0852  queuine tRNA-ribosyltransferase  60.11 
 
 
370 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1457  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.55 
 
 
375 aa  441  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000844701  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1894  queuine tRNA-ribosyltransferase  61.49 
 
 
355 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.3829100000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2011  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.89 
 
 
380 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.638578  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0579  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.71 
 
 
370 aa  435  1e-121  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.350695  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1800  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.42 
 
 
374 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2068  Queuine tRNA-ribosyltransferase  57.68 
 
 
371 aa  432  1e-120  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0514  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.47 
 
 
370 aa  432  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12290  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.08 
 
 
373 aa  434  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000356741  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1717  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.95 
 
 
371 aa  429  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.647195 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2059  queuine tRNA-ribosyltransferase  58.95 
 
 
371 aa  429  1e-119  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.95 
 
 
369 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0231453  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1194  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.06 
 
 
367 aa  425  1e-118  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0521  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.71 
 
 
371 aa  425  1e-118  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2182  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.57 
 
 
374 aa  422  1e-117  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1305  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.91 
 
 
371 aa  423  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3278  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.8 
 
 
369 aa  418  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.275264  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2808  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.45 
 
 
376 aa  418  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.634866  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2352  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.79 
 
 
391 aa  418  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1428  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.42 
 
 
369 aa  421  1e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00175971  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1606  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.49 
 
 
388 aa  415  9.999999999999999e-116  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.894963  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0690  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
395 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265074  normal  0.561084 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2109  queuine tRNA-ribosyltransferase  57.06 
 
 
379 aa  414  9.999999999999999e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1791  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.99 
 
 
370 aa  415  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000378979  hitchhiker  0.00274251 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0238  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
447 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1259  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.33 
 
 
379 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.527316  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0722  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
395 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1120  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.87 
 
 
385 aa  414  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.38532  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2664  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
399 aa  412  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.241217 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3810  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
395 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1470  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.55 
 
 
377 aa  412  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1228  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.83 
 
 
370 aa  412  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1290  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
375 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0681  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.68 
 
 
370 aa  410  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111123  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1524  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.85 
 
 
383 aa  411  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000558338  normal  0.0203734 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2844  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.95 
 
 
377 aa  409  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3520  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.34 
 
 
377 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.1241  normal  0.323798 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0637  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.03 
 
 
395 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1278  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
394 aa  409  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2892  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.71 
 
 
377 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.103545  hitchhiker  0.000645764 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1703  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.85 
 
 
383 aa  410  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.108277  normal  0.62465 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2944  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
376 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3361  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.65 
 
 
472 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0872044  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1382  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.11 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000246245  hitchhiker  0.0000118913 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1447  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.11 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000328041  normal  0.0357414 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1215  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.41 
 
 
385 aa  409  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.557932 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0612  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.03 
 
 
395 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14600  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.89 
 
 
372 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1435  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.11 
 
 
374 aa  410  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000652098  hitchhiker  0.000858372 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2647  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.37 
 
 
381 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000956702  hitchhiker  0.00180241 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3097  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.95 
 
 
387 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.141745  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2807  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000311087  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0303  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3113  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4345  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.34 
 
 
377 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000330572 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2387  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2075  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 
367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.698983  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0958  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.91 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0452051  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2882  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000363226  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3371  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.11 
 
 
397 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2337  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00144843  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2573  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1570  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000109087  hitchhiker  0.000000108069 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1694  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.59 
 
 
373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.556038 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1114  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.97 
 
 
373 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.34463  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2787  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000135544  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1401  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.75 
 
 
377 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000397481  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3622  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.91 
 
 
372 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00110996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1165  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.179436  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2193  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.11 
 
 
374 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0616046  normal  0.0257357 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2484  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.84 
 
 
374 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000574895  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2702  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.49 
 
 
374 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000654614  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2525  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0605  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.96 
 
 
395 aa  407  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.522263 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3328  queuine tRNA-ribosyltransferase  55.38 
 
 
397 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.162119  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2906  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
387 aa  401  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.905549  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0833  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
371 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.936074  normal  0.0233256 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0632  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.12 
 
 
392 aa  403  1e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3384  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.99 
 
 
374 aa  402  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000344335  normal  0.488605 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0530  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.76 
 
 
373 aa  404  1e-111  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00176978  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1061  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.7 
 
 
374 aa  402  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184616 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1333  queuine tRNA-ribosyltransferase  52.02 
 
 
370 aa  403  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.299331  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3264  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.99 
 
 
374 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000400897  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2757  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.57 
 
 
386 aa  402  1e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.717518 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2518  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.02 
 
 
380 aa  404  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00624233  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3990  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.03 
 
 
396 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0863  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1019  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.13 
 
 
381 aa  404  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0876  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.25 
 
 
377 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.321375 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1699  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.99 
 
 
382 aa  404  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1506  queuine tRNA-ribosyltransferase  51.97 
 
 
385 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.966603 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3123  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.99 
 
 
374 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00561158  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3203  queuine tRNA-ribosyltransferase  54.18 
 
 
375 aa  398  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.372376  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1666  queuine tRNA-ribosyltransferase  53.45 
 
 
370 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.098612  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0084  queuine tRNA-ribosyltransferase  56.23 
 
 
384 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000052368  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>