268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA0304 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  100 
 
 
788 aa  1595    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  39.79 
 
 
754 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.39 
 
 
778 aa  343  5.999999999999999e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.93 
 
 
798 aa  332  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  29.49 
 
 
765 aa  304  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.73 
 
 
791 aa  284  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.24 
 
 
807 aa  268  2e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  28.24 
 
 
814 aa  268  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  28.53 
 
 
842 aa  263  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  29.52 
 
 
803 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  29.52 
 
 
766 aa  253  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.63 
 
 
765 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  29.39 
 
 
766 aa  251  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  29.39 
 
 
984 aa  251  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  29.39 
 
 
766 aa  250  6e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.36 
 
 
785 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  29.26 
 
 
766 aa  249  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  29.26 
 
 
766 aa  249  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.9 
 
 
794 aa  247  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  27.48 
 
 
786 aa  243  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.39 
 
 
748 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.3 
 
 
849 aa  240  9e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.46 
 
 
816 aa  239  1e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.72 
 
 
797 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.95 
 
 
797 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.1 
 
 
781 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.54 
 
 
794 aa  228  3e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.2 
 
 
788 aa  226  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  27.22 
 
 
790 aa  226  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.66 
 
 
789 aa  224  7e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  26.54 
 
 
790 aa  223  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.35 
 
 
834 aa  223  9e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.63 
 
 
775 aa  217  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.4 
 
 
808 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  24.04 
 
 
815 aa  204  7e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.46 
 
 
815 aa  202  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  24.46 
 
 
815 aa  202  3e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.32 
 
 
734 aa  198  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.83 
 
 
786 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  27.42 
 
 
783 aa  197  7e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.1 
 
 
790 aa  197  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  25.71 
 
 
804 aa  194  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  25.46 
 
 
766 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  26.42 
 
 
810 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  26.65 
 
 
803 aa  182  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.18 
 
 
782 aa  181  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  26.5 
 
 
803 aa  180  8e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  26.5 
 
 
782 aa  180  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  26.5 
 
 
803 aa  178  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  23.34 
 
 
834 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.85 
 
 
778 aa  171  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.73 
 
 
778 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.16 
 
 
778 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  26.45 
 
 
836 aa  108  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.37 
 
 
963 aa  107  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  24.67 
 
 
872 aa  107  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  26.63 
 
 
836 aa  106  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.35 
 
 
884 aa  105  4e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.55 
 
 
866 aa  105  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  25.75 
 
 
836 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  26.28 
 
 
836 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.65 
 
 
851 aa  99  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.11 
 
 
851 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.2 
 
 
852 aa  96.3  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  22.43 
 
 
939 aa  90.9  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.99 
 
 
828 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.84 
 
 
886 aa  88.2  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.69 
 
 
875 aa  87  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.69 
 
 
875 aa  87  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  22.59 
 
 
914 aa  87.4  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.74 
 
 
930 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.04 
 
 
1040 aa  85.5  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  23.39 
 
 
851 aa  84.3  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.29 
 
 
880 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.06 
 
 
877 aa  82  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0764  hypothetical protein  23.97 
 
 
840 aa  80.9  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  23.7 
 
 
848 aa  80.9  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.22 
 
 
844 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.65 
 
 
840 aa  80.1  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.78 
 
 
864 aa  80.1  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  21.11 
 
 
809 aa  79.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  21.11 
 
 
809 aa  79.7  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  21.11 
 
 
809 aa  79.7  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.52 
 
 
852 aa  79.3  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.62 
 
 
841 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  20.95 
 
 
809 aa  79.3  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  22.22 
 
 
914 aa  79  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  20.95 
 
 
809 aa  77.8  0.0000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.48 
 
 
853 aa  77.8  0.0000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.37 
 
 
852 aa  77.4  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  22.71 
 
 
868 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  23.21 
 
 
848 aa  76.6  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.7 
 
 
837 aa  76.3  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1679  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.42 
 
 
847 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.81 
 
 
866 aa  75.9  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  23.16 
 
 
901 aa  74.7  0.000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.09 
 
 
887 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  22.93 
 
 
814 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  22.6 
 
 
848 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  22.87 
 
 
848 aa  73.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>