241 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2819 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 788 aa  1610    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.7 
 
 		 797 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  45.65 
 
 		 810 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.86 
 
 		 808 aa  668    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  88.65 
 
 		 789 aa  1442    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  45.43 
 
 		 766 aa  651    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  51.93 
 
 		 790 aa  779    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  45.38 
 
 		 782 aa  659    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  45.38 
 
 		 803 aa  658    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  45.97 
 
 		 803 aa  657    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  45.38 
 
 		 803 aa  658    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.15 
 
 		 765 aa  649    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.19 
 
 		 797 aa  646    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  52.46 
 
 		 790 aa  775    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.23 
 
 		 781 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.26 
 
 		 782 aa  613  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.83 
 
 		 794 aa  575  1.0000000000000001e-163  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  39.29 
 
 		 815 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.29 
 
 		 815 aa  573  1.0000000000000001e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  39.17 
 
 		 815 aa  571  1e-161  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.81 
 
 		 786 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  34.49 
 
 		 804 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  32.58 
 
 		 786 aa  395  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  33.38 
 
 		 842 aa  374  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.55 
 
 		 794 aa  365  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  32.48 
 
 		 803 aa  362  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  32.73 
 
 		 766 aa  361  3e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  32.55 
 
 		 766 aa  360  8e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  32.09 
 
 		 984 aa  354  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  32.16 
 
 		 766 aa  353  5.9999999999999994e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  32.16 
 
 		 766 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  32.16 
 
 		 766 aa  353  7e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.73 
 
 		 775 aa  353  8.999999999999999e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.19 
 
 		 748 aa  350  8e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.07 
 
 		 834 aa  345  2e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.75 
 
 		 849 aa  343  9e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.47 
 
 		 785 aa  341  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.97 
 
 		 807 aa  339  9.999999999999999e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.62 
 
 		 816 aa  339  9.999999999999999e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  29.97 
 
 		 814 aa  339  9.999999999999999e-92  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  31.28 
 
 		 783 aa  320  7e-86  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.87 
 
 		 790 aa  296  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.91 
 
 		 791 aa  246  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.27 
 
 		 798 aa  231  6e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  25.33 
 
 		 788 aa  226  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  26.04 
 
 		 754 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.24 
 
 		 778 aa  211  6e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  24.23 
 
 		 765 aa  195  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  24.21 
 
 		 834 aa  171  4e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.09 
 
 		 734 aa  143  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.94 
 
 		 778 aa  110  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.24 
 
 		 778 aa  108  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.74 
 
 		 837 aa  96.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.63 
 
 		 778 aa  93.2  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  23.83 
 
 		 836 aa  88.2  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.44 
 
 		 852 aa  88.2  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.45 
 
 		 840 aa  87.8  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.09 
 
 		 833 aa  85.1  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3092  fimbrial usher protein  22.45 
 
 		 826 aa  84  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.595563 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  23.37 
 
 		 836 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2399  fimbrial usher protein  23.08 
 
 		 826 aa  83.2  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  24.11 
 
 		 814 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0764  hypothetical protein  22.56 
 
 		 840 aa  81.6  0.00000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.21 
 
 		 880 aa  80.5  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0934  fimbrial usher protein  23.08 
 
 		 826 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2245  fimbrial usher protein  22.94 
 
 		 826 aa  79.3  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.141315  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1548  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.79 
 
 		 826 aa  78.6  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.2778  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1538  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.01 
 
 		 826 aa  78.2  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  20.83 
 
 		 838 aa  77.8  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.36 
 
 		 844 aa  77.8  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  23.09 
 
 		 870 aa  77.8  0.0000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  20.83 
 
 		 838 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  20.83 
 
 		 838 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  23.68 
 
 		 836 aa  77.4  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  20.83 
 
 		 838 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  21.94 
 
 		 878 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2406  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.8 
 
 		 812 aa  76.6  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  23.82 
 
 		 836 aa  76.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  20.83 
 
 		 838 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  21.94 
 
 		 878 aa  76.3  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  23.18 
 
 		 870 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  23.19 
 
 		 809 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1817  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.85 
 
 		 851 aa  75.5  0.000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513641 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  23.19 
 
 		 809 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  23.19 
 
 		 809 aa  75.5  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  22.96 
 
 		 870 aa  75.1  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  23.03 
 
 		 809 aa  75.1  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  20.66 
 
 		 863 aa  75.1  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  20.66 
 
 		 838 aa  75.1  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.34 
 
 		 852 aa  74.3  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  23.03 
 
 		 809 aa  74.3  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  22.86 
 
 		 870 aa  73.9  0.000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.4 
 
 		 823 aa  73.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  22.09 
 
 		 842 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  23.06 
 
 		 870 aa  73.6  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.69 
 
 		 963 aa  73.6  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  21.92 
 
 		 842 aa  72.8  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  21.69 
 
 		 863 aa  72.8  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.95 
 
 		 1040 aa  72.8  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.52 
 
 		 851 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>