243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3333 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  85.79 
 
 		 781 aa  1387    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  97.99 
 
 		 797 aa  1592    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  49.74 
 
 		 810 aa  717    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  69.07 
 
 		 808 aa  1075    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.81 
 
 		 782 aa  709    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.71 
 
 		 789 aa  637    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  50.87 
 
 		 766 aa  731    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  94.51 
 
 		 765 aa  1475    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  50.9 
 
 		 790 aa  761    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.19 
 
 		 788 aa  644    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  49.87 
 
 		 782 aa  713    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  49.87 
 
 		 803 aa  713    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  49.8 
 
 		 803 aa  707    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  49.67 
 
 		 803 aa  712    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  41.05 
 
 		 815 aa  642    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.17 
 
 		 794 aa  665    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 797 aa  1617    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  50.71 
 
 		 790 aa  758    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.18 
 
 		 815 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  41.18 
 
 		 815 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.69 
 
 		 786 aa  520  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  35.54 
 
 		 804 aa  476  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.73 
 
 		 748 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  35.39 
 
 		 842 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.44 
 
 		 816 aa  392  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.79 
 
 		 794 aa  386  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  35.48 
 
 		 786 aa  385  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.55 
 
 		 785 aa  385  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  35.48 
 
 		 766 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.34 
 
 		 775 aa  382  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.71 
 
 		 849 aa  380  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  35.48 
 
 		 803 aa  379  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.07 
 
 		 834 aa  378  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  35.48 
 
 		 766 aa  379  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  35.09 
 
 		 766 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  35.09 
 
 		 766 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  35.22 
 
 		 984 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  35.22 
 
 		 766 aa  375  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  35.99 
 
 		 783 aa  368  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  31.41 
 
 		 814 aa  327  8.000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.41 
 
 		 807 aa  326  1e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.21 
 
 		 790 aa  318  3e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  29.35 
 
 		 754 aa  262  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  29.32 
 
 		 791 aa  255  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.26 
 
 		 778 aa  239  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  29.7 
 
 		 788 aa  227  5.0000000000000005e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.16 
 
 		 798 aa  202  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  27.3 
 
 		 765 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  25.91 
 
 		 834 aa  159  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.26 
 
 		 734 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.69 
 
 		 778 aa  142  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.44 
 
 		 778 aa  137  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.79 
 
 		 778 aa  134  5e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.52 
 
 		 832 aa  101  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.49 
 
 		 1040 aa  95.5  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26 
 
 		 857 aa  95.1  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.33 
 
 		 852 aa  94.7  6e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  23.23 
 
 		 878 aa  92.4  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  23.23 
 
 		 878 aa  92.4  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  22.76 
 
 		 878 aa  91.7  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1151  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25 
 
 		 866 aa  91.7  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  23.97 
 
 		 833 aa  90.1  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.11 
 
 		 878 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.15 
 
 		 880 aa  89.7  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.27 
 
 		 866 aa  90.1  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.97 
 
 		 890 aa  88.6  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  23.44 
 
 		 833 aa  88.6  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  23.28 
 
 		 863 aa  88.2  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  23.44 
 
 		 833 aa  88.2  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.57 
 
 		 831 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  23.44 
 
 		 850 aa  87.8  7e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  24.4 
 
 		 856 aa  87.8  7e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.45 
 
 		 833 aa  87.4  8e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.64 
 
 		 876 aa  87.4  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  23.48 
 
 		 833 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.97 
 
 		 837 aa  84.3  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0764  hypothetical protein  26.63 
 
 		 840 aa  83.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.58 
 
 		 880 aa  83.2  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.13 
 
 		 840 aa  82.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  23.16 
 
 		 740 aa  82.4  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.5 
 
 		 963 aa  81.6  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.75 
 
 		 851 aa  80.9  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  21.38 
 
 		 838 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  21.25 
 
 		 901 aa  79.7  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.35 
 
 		 867 aa  79.7  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.75 
 
 		 875 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.75 
 
 		 875 aa  79.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  20.86 
 
 		 838 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.97 
 
 		 901 aa  79.3  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  20.86 
 
 		 838 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  20.86 
 
 		 838 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  25.55 
 
 		 872 aa  79  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  20.86 
 
 		 838 aa  79  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  21.21 
 
 		 863 aa  78.6  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  20.69 
 
 		 838 aa  78.2  0.0000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.1 
 
 		 877 aa  77.4  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  21.75 
 
 		 809 aa  77  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.23 
 
 		 853 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1016  usher CupB3  23.29 
 
 		 842 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  21.87 
 
 		 814 aa  75.9  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>