More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2268 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2268  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  100 
 
 
190 aa  396  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  98.95 
 
 
1009 aa  392  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  85.34 
 
 
1010 aa  345  3e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  74.87 
 
 
1010 aa  305  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  74.35 
 
 
1010 aa  286  2e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.5 
 
 
1059 aa  194  6e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.32 
 
 
1061 aa  192  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1576  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  45.5 
 
 
200 aa  192  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0800  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  47.62 
 
 
232 aa  193  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1335  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  48.97 
 
 
189 aa  187  8e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  54.61 
 
 
1011 aa  187  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.88 
 
 
1005 aa  182  3e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0716  formate dehydrogenase  45.41 
 
 
199 aa  176  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2089  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  45.6 
 
 
191 aa  176  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.578931  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3044  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  46.43 
 
 
191 aa  176  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1273  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.1 
 
 
190 aa  177  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.337645  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_176  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase alpha subunit  47.69 
 
 
993 aa  176  2e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000885934  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0165  formate dehydrogenase alpha subunit  47.69 
 
 
993 aa  175  3e-43  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.410725  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.6 
 
 
1020 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  50.63 
 
 
1012 aa  175  4e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_002936  DET0187  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.69 
 
 
993 aa  174  7e-43  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125328  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.08 
 
 
1020 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2590  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  42.29 
 
 
196 aa  170  1e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3512  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.04 
 
 
188 aa  170  1e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0282  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  42.38 
 
 
202 aa  169  2e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.37 
 
 
1005 aa  169  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.64 
 
 
1010 aa  168  4e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.9 
 
 
1008 aa  168  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1826  formate dehydrogenase alpha subunit  46.43 
 
 
196 aa  167  7e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0035  formate dehydrogenase  44 
 
 
195 aa  165  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0057106  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1113  formate dehydrogenase  42.72 
 
 
204 aa  163  1.0000000000000001e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  40.59 
 
 
1014 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0453  molybdopterin oxidoreductase  43.46 
 
 
210 aa  163  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64299  normal  0.322102 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.63 
 
 
1003 aa  161  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.45 
 
 
1012 aa  161  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  44 
 
 
1015 aa  161  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.93 
 
 
1012 aa  158  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.38 
 
 
1013 aa  157  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.59 
 
 
1016 aa  156  2e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.47 
 
 
1014 aa  155  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0860  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.72 
 
 
1039 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5829  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  45.03 
 
 
206 aa  145  3e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.25228 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0825  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  42.69 
 
 
195 aa  144  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.21 
 
 
1118 aa  144  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.5 
 
 
1066 aa  143  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1581  formate dehydrogenase  36.7 
 
 
216 aa  143  2e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.300092  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.5 
 
 
1028 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3753  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 protein  37.5 
 
 
195 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.5 
 
 
1028 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0872  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.52 
 
 
1096 aa  141  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0876  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.52 
 
 
1096 aa  141  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2007  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.5 
 
 
195 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93426  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0863  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.7 
 
 
195 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1093  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  41.77 
 
 
198 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0083  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.5 
 
 
195 aa  134  5e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2182  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.12 
 
 
189 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0021  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 
1084 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.12847 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  38.42 
 
 
1015 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21850  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  36.1 
 
 
199 aa  132  3e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0765012 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2174  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.93 
 
 
195 aa  131  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.207162  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  37.93 
 
 
1015 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.93 
 
 
1015 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  37.93 
 
 
1015 aa  131  6.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4084  formate dehydrogenase  37 
 
 
195 aa  130  7.999999999999999e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.31 
 
 
1016 aa  130  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  38.31 
 
 
1016 aa  130  9e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  38.31 
 
 
1016 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  37 
 
 
1015 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  37 
 
 
1015 aa  130  1.0000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  38.31 
 
 
1016 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  38.31 
 
 
1016 aa  130  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1683  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.87 
 
 
199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.431387 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2723  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40 
 
 
189 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0037  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.5 
 
 
195 aa  129  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04190  uncharacterized anaerobic dehydrogenase  45.21 
 
 
187 aa  127  7.000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0619785 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3491  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.53 
 
 
196 aa  127  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4517  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.5 
 
 
196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3728  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 
1063 aa  125  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0214561  normal  0.0673651 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2055  formate dehydrogenase  36.95 
 
 
195 aa  124  6e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0101  twin-arginine translocation pathway signal  36.55 
 
 
193 aa  124  6e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0096  twin-arginine translocation pathway signal  36.55 
 
 
193 aa  124  6e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0101  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  36.55 
 
 
1004 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.5 
 
 
1015 aa  124  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2101  molybdopterin oxidoreductase  36.82 
 
 
196 aa  124  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.48283 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11280  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.12 
 
 
1058 aa  124  1e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.786 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0343  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  43.15 
 
 
186 aa  123  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.434466  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3545  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.82 
 
 
196 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0820445  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4383  twin-arginine translocation pathway signal  36.82 
 
 
196 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0827  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.1 
 
 
1050 aa  123  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.798346  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  38 
 
 
1015 aa  124  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3983  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.82 
 
 
196 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3574  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.41 
 
 
188 aa  122  2e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0949477  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4598  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37 
 
 
196 aa  123  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0420797  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1601  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.6 
 
 
189 aa  122  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  36 
 
 
1016 aa  122  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6561  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.36 
 
 
196 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0173602  normal  0.0279296 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2830  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  34.5 
 
 
199 aa  122  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.156041  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0663  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.64 
 
 
199 aa  122  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.481432  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3878  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.82 
 
 
196 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297199  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3376  formate dehydrogenase  36.82 
 
 
196 aa  122  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803243  normal  0.85496 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>