More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1576 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1576  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  100 
 
 
200 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  98 
 
 
1059 aa  407  1e-113  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  83 
 
 
1061 aa  354  5.999999999999999e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1335  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  58.33 
 
 
189 aa  245  3e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.91 
 
 
1005 aa  219  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  54.85 
 
 
1005 aa  216  2e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  52.43 
 
 
1008 aa  213  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0716  formate dehydrogenase  53.88 
 
 
199 aa  212  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1273  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  54.15 
 
 
190 aa  213  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.337645  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.66 
 
 
1011 aa  212  3.9999999999999995e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  49.27 
 
 
1014 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  49.01 
 
 
1010 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  50.24 
 
 
1003 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  49.76 
 
 
1010 aa  196  3e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  49 
 
 
1010 aa  194  9e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2268  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  45.5 
 
 
190 aa  192  3e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  46 
 
 
1009 aa  190  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0187  formate dehydrogenase, alpha subunit  49.27 
 
 
993 aa  185  3e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125328  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0800  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  41.36 
 
 
232 aa  186  3e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0165  formate dehydrogenase alpha subunit  48.78 
 
 
993 aa  185  4e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.410725  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  48.5 
 
 
1010 aa  184  7e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_176  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase alpha subunit  48.29 
 
 
993 aa  183  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000885934  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2590  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  43.13 
 
 
196 aa  181  5.0000000000000004e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0282  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.65 
 
 
202 aa  181  6e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.79 
 
 
1014 aa  177  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.56 
 
 
1016 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2089  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.83 
 
 
191 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.578931  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.32 
 
 
1020 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.32 
 
 
1020 aa  176  3e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1113  formate dehydrogenase  44.29 
 
 
204 aa  174  9e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.23 
 
 
1012 aa  173  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0035  formate dehydrogenase  43.81 
 
 
195 aa  173  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0057106  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3512  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.39 
 
 
188 aa  167  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.29 
 
 
1118 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.92 
 
 
1012 aa  166  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.39 
 
 
1012 aa  165  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.92 
 
 
1013 aa  164  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
1028 aa  163  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
1028 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3753  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 protein  41.43 
 
 
195 aa  164  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.38 
 
 
1015 aa  163  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2007  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.05 
 
 
195 aa  162  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93426  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2697  twin-arginine translocation pathway signal  37.26 
 
 
196 aa  161  7e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00634293 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1826  formate dehydrogenase alpha subunit  39.11 
 
 
196 aa  161  7e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1581  formate dehydrogenase  40.09 
 
 
216 aa  160  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.300092  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1897  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  38.57 
 
 
196 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0687267  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1690  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  38.57 
 
 
196 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2101  molybdopterin oxidoreductase  38.57 
 
 
196 aa  159  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.48283 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4084  formate dehydrogenase  38.57 
 
 
195 aa  159  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3376  formate dehydrogenase  38.57 
 
 
196 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803243  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3878  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.57 
 
 
196 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297199  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  38.57 
 
 
1023 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0732  formate dehydrogenase-O, major subunit  38.1 
 
 
196 aa  158  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2554  formate dehydrogenase-O, major subunit  38.28 
 
 
214 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4383  twin-arginine translocation pathway signal  38.57 
 
 
196 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3983  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.57 
 
 
196 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3545  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.57 
 
 
196 aa  158  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0820445  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  39.05 
 
 
1023 aa  158  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3044  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.89 
 
 
191 aa  157  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6561  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.28 
 
 
196 aa  157  8e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0173602  normal  0.0279296 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0037  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.05 
 
 
195 aa  157  1e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4598  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.57 
 
 
196 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0420797  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  39.05 
 
 
1015 aa  156  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0453  molybdopterin oxidoreductase  40 
 
 
210 aa  156  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64299  normal  0.322102 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  39.05 
 
 
1015 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0083  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.1 
 
 
195 aa  156  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.43 
 
 
1016 aa  155  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  37.62 
 
 
1016 aa  154  6e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.62 
 
 
1016 aa  154  6e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  37.62 
 
 
1016 aa  154  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  37.62 
 
 
1016 aa  154  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  37.62 
 
 
1016 aa  154  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4517  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.71 
 
 
196 aa  153  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.19 
 
 
1066 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 
1016 aa  152  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
1015 aa  151  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2174  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.62 
 
 
195 aa  150  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.207162  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2830  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.21 
 
 
199 aa  150  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.156041  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
1015 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  37.62 
 
 
1015 aa  149  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  37.62 
 
 
1015 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.62 
 
 
1015 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5532  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  35.55 
 
 
196 aa  147  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2055  formate dehydrogenase  37.62 
 
 
195 aa  147  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  38.1 
 
 
1015 aa  147  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21850  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  37.44 
 
 
199 aa  147  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0765012 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 
1015 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  35.85 
 
 
1026 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1683  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  41.67 
 
 
199 aa  146  2.0000000000000003e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.431387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
1015 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0543  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.85 
 
 
196 aa  144  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0816822 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0863  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.3 
 
 
195 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1750  formate dehydrogenase alpha subunit  39.62 
 
 
1016 aa  142  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0522  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.38 
 
 
196 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3261  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.1 
 
 
1022 aa  141  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0825  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.95 
 
 
195 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0876  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.42 
 
 
1096 aa  139  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0872  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.42 
 
 
1096 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.32 
 
 
1023 aa  139  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0663  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.49 
 
 
199 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.481432  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>