More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3878 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3878  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  100 
 
 
196 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297199  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3376  formate dehydrogenase  100 
 
 
196 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803243  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2101  molybdopterin oxidoreductase  96.94 
 
 
196 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.48283 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4383  twin-arginine translocation pathway signal  95.92 
 
 
196 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3983  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  95.92 
 
 
196 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3545  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  95.92 
 
 
196 aa  397  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0820445  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4598  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  95.41 
 
 
196 aa  394  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0420797  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1897  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  89.29 
 
 
196 aa  373  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0687267  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1690  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  89.29 
 
 
196 aa  373  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0732  formate dehydrogenase-O, major subunit  88.78 
 
 
196 aa  371  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  90.31 
 
 
1023 aa  370  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  89.29 
 
 
1023 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4517  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  87.76 
 
 
196 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2554  formate dehydrogenase-O, major subunit  88.27 
 
 
214 aa  365  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6561  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  85.71 
 
 
196 aa  355  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0173602  normal  0.0279296 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3261  formate dehydrogenase, alpha subunit  79.08 
 
 
1022 aa  325  4.0000000000000003e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3491  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  75 
 
 
196 aa  321  5e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0083  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  73.85 
 
 
195 aa  313  9e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4084  formate dehydrogenase  73.33 
 
 
195 aa  310  6.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0037  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  72.31 
 
 
195 aa  309  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  72.31 
 
 
1015 aa  306  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  72.31 
 
 
1015 aa  306  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  72.31 
 
 
1016 aa  305  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  72.31 
 
 
1016 aa  305  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  72.31 
 
 
1016 aa  305  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  72.31 
 
 
1016 aa  305  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.31 
 
 
1016 aa  305  3e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1819  twin-arginine translocation pathway signal  69.23 
 
 
195 aa  301  3.0000000000000004e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.19888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2697  twin-arginine translocation pathway signal  71.43 
 
 
196 aa  299  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00634293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5532  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  70.92 
 
 
196 aa  297  5e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.21 
 
 
1066 aa  297  7e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.23 
 
 
1015 aa  295  2e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.23 
 
 
1015 aa  295  3e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2174  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  68.21 
 
 
195 aa  294  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.207162  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  70.92 
 
 
1026 aa  294  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.26 
 
 
1016 aa  294  7e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.21 
 
 
1015 aa  293  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2055  formate dehydrogenase  68.72 
 
 
195 aa  293  1e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.72 
 
 
1015 aa  293  1e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  68.21 
 
 
1015 aa  292  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.21 
 
 
1015 aa  292  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  68.21 
 
 
1015 aa  292  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.23 
 
 
1016 aa  291  3e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  68.21 
 
 
1015 aa  292  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3753  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 protein  65.13 
 
 
195 aa  287  8e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.13 
 
 
1028 aa  286  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.13 
 
 
1028 aa  286  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2007  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  64.62 
 
 
195 aa  284  5e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93426  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0522  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  68.88 
 
 
196 aa  279  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0531  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  68.88 
 
 
196 aa  276  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.794328  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0543  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  67.86 
 
 
196 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0816822 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1750  formate dehydrogenase alpha subunit  63.27 
 
 
1016 aa  268  2.9999999999999997e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03810  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.31 
 
 
1018 aa  265  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0101  twin-arginine translocation pathway signal  59.38 
 
 
193 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0096  twin-arginine translocation pathway signal  59.38 
 
 
193 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0101  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  59.38 
 
 
1004 aa  249  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0104  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  57.81 
 
 
193 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.96 
 
 
1023 aa  245  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0437  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  57.29 
 
 
193 aa  245  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0099  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  57.81 
 
 
1004 aa  244  8e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.81 
 
 
1004 aa  244  8e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0663  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  55.33 
 
 
199 aa  241  3.9999999999999997e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.481432  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2830  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  57.36 
 
 
199 aa  240  1e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.156041  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2862  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  56.35 
 
 
199 aa  239  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447947  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2089  formate dehydrogenase alpha subunit  56.48 
 
 
1005 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000081067 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1093  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  63.16 
 
 
198 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1335  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  41.79 
 
 
189 aa  162  3e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1576  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.57 
 
 
200 aa  159  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21850  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  43 
 
 
199 aa  159  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0765012 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.37 
 
 
1014 aa  157  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.05 
 
 
1059 aa  155  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.08 
 
 
1013 aa  154  6e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.57 
 
 
1061 aa  154  8e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.61 
 
 
1005 aa  153  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3512  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.05 
 
 
188 aa  151  5e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2590  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.56 
 
 
196 aa  151  5.9999999999999996e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0282  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.28 
 
 
202 aa  151  8e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1113  formate dehydrogenase  40 
 
 
204 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.59 
 
 
1005 aa  149  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0800  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  36.67 
 
 
232 aa  149  3e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1273  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  38.97 
 
 
190 aa  148  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.337645  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2089  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.91 
 
 
191 aa  147  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.578931  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  40 
 
 
1012 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.4 
 
 
1020 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.4 
 
 
1020 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.97 
 
 
1010 aa  145  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.44 
 
 
1008 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.22 
 
 
1118 aa  144  9e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.43 
 
 
1012 aa  142  3e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.1 
 
 
1011 aa  142  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0716  formate dehydrogenase  37.76 
 
 
199 aa  142  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.49 
 
 
1003 aa  141  5e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1683  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  43.16 
 
 
199 aa  141  7e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.431387 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11280  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.61 
 
 
1058 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.786 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1826  formate dehydrogenase alpha subunit  39.71 
 
 
196 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.46 
 
 
1012 aa  135  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.8 
 
 
1010 aa  132  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.36 
 
 
1016 aa  131  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0187  formate dehydrogenase, alpha subunit  41 
 
 
993 aa  129  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125328  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0035  formate dehydrogenase  39.11 
 
 
195 aa  130  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0057106  normal  0.285517 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>