More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0101 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0101  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
193 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0096  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
193 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0101  selenium-containing formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit  98.96 
 
 
1004 aa  400  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0104  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  86.53 
 
 
193 aa  353  6.999999999999999e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.53 
 
 
1004 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0099  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  86.53 
 
 
1004 aa  353  1e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0437  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  78.76 
 
 
193 aa  319  1.9999999999999998e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2089  formate dehydrogenase alpha subunit  76.56 
 
 
1005 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000081067 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2174  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  66.67 
 
 
195 aa  285  4e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.207162  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  66.67 
 
 
1015 aa  284  5e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  66.67 
 
 
1015 aa  284  5e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1427  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.67 
 
 
1016 aa  284  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.50627  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.67 
 
 
1015 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1700  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  66.67 
 
 
1015 aa  284  7e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.3444  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0083  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  65.1 
 
 
195 aa  283  2.0000000000000002e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2519  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.1 
 
 
1016 aa  279  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1286  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.15 
 
 
1015 aa  277  5e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0037  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  64.58 
 
 
195 aa  277  5e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  64.58 
 
 
1015 aa  277  8e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  64.58 
 
 
1015 aa  277  8e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2662  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.67 
 
 
1015 aa  276  1e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.613089  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4084  formate dehydrogenase  63.54 
 
 
195 aa  276  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2055  formate dehydrogenase  65.1 
 
 
195 aa  275  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1335  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.15 
 
 
1015 aa  275  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3045  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.15 
 
 
1015 aa  275  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  63.54 
 
 
1016 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  63.54 
 
 
1016 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  63.54 
 
 
1016 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  63.54 
 
 
1016 aa  273  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.54 
 
 
1016 aa  273  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1750  formate dehydrogenase alpha subunit  63.73 
 
 
1016 aa  269  2e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00182445 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03810  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.77 
 
 
1018 aa  260  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1819  twin-arginine translocation pathway signal  60.94 
 
 
195 aa  254  4e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.19888 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5532  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  60.1 
 
 
196 aa  253  9e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  60.1 
 
 
1026 aa  252  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4598  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  58.85 
 
 
196 aa  252  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0420797  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3878  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  59.38 
 
 
196 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297199  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3376  formate dehydrogenase  59.38 
 
 
196 aa  251  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803243  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2101  molybdopterin oxidoreductase  58.85 
 
 
196 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.48283 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4383  twin-arginine translocation pathway signal  58.85 
 
 
196 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3983  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  58.85 
 
 
196 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3545  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  58.85 
 
 
196 aa  251  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0820445  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3810  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.85 
 
 
1028 aa  250  1e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3894  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.85 
 
 
1028 aa  249  1e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4517  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  58.33 
 
 
196 aa  250  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2697  twin-arginine translocation pathway signal  58.55 
 
 
196 aa  249  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00634293 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3753  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 protein  58.85 
 
 
195 aa  249  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0522  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  60.62 
 
 
196 aa  248  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2554  formate dehydrogenase-O, major subunit  57.81 
 
 
214 aa  247  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3491  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  56.25 
 
 
196 aa  246  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3261  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.33 
 
 
1022 aa  246  2e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0531  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  59.59 
 
 
196 aa  245  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.794328  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6561  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  57.29 
 
 
196 aa  243  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0173602  normal  0.0279296 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2007  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  55.21 
 
 
195 aa  242  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93426  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0732  formate dehydrogenase-O, major subunit  56.77 
 
 
196 aa  241  3.9999999999999997e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1690  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  56.77 
 
 
196 aa  240  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1897  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  56.77 
 
 
196 aa  240  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0687267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.77 
 
 
1066 aa  240  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0707  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  57.29 
 
 
1023 aa  239  2e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2259  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  56.77 
 
 
1023 aa  239  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181302  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0543  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  59.07 
 
 
196 aa  239  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0816822 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0663  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  51.55 
 
 
199 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.481432  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2862  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  51.03 
 
 
199 aa  212  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.447947  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3325  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.61 
 
 
1023 aa  209  3e-53  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.723924 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2830  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  50 
 
 
199 aa  205  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.156041  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1093  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  51.85 
 
 
198 aa  189  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.19 
 
 
1014 aa  151  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.67 
 
 
1012 aa  147  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1335  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.38 
 
 
189 aa  142  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1273  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.58 
 
 
190 aa  142  3e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.337645  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.05 
 
 
1013 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0282  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.19 
 
 
202 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3512  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.31 
 
 
188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.19 
 
 
1011 aa  139  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.58 
 
 
1012 aa  139  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.662776 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2590  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.64 
 
 
196 aa  138  4.999999999999999e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.58 
 
 
1005 aa  136  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.58 
 
 
1010 aa  137  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0800  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  37.2 
 
 
232 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.58 
 
 
1012 aa  136  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.58 
 
 
1005 aa  135  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.06 
 
 
1061 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.58 
 
 
1008 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1576  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.75 
 
 
200 aa  132  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.92 
 
 
1020 aa  131  5e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1113  formate dehydrogenase  35.55 
 
 
204 aa  131  6e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.92 
 
 
1020 aa  131  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.58 
 
 
1059 aa  130  9e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2089  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.44 
 
 
191 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.578931  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  39.06 
 
 
1014 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.67 
 
 
1003 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.2 
 
 
1118 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0716  formate dehydrogenase  36.98 
 
 
199 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.5 
 
 
1010 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2268  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.55 
 
 
190 aa  124  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0165  formate dehydrogenase alpha subunit  37.56 
 
 
993 aa  123  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.410725  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.55 
 
 
1009 aa  122  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21850  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  37.07 
 
 
199 aa  122  3e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0765012 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1581  formate dehydrogenase  35.05 
 
 
216 aa  121  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.300092  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_176  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase alpha subunit  37.06 
 
 
993 aa  121  6e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000885934  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>