More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2182 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2182  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  100 
 
 
189 aa  391  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0872  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.74 
 
 
1096 aa  268  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0825  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  67.69 
 
 
195 aa  268  2e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0876  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.21 
 
 
1096 aa  267  7e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0863  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  65.59 
 
 
195 aa  253  8e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2723  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  64.13 
 
 
189 aa  246  2e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19190  formate dehydrogenase, alpha subunit  63.98 
 
 
1100 aa  240  7e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.525812  normal  0.681395 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0021  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.19 
 
 
1084 aa  239  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.12847 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5219  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  62.22 
 
 
189 aa  235  2e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5599  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  62.22 
 
 
189 aa  235  2e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.794641  normal  0.75444 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0343  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  61.5 
 
 
186 aa  235  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.434466  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5307  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  62.22 
 
 
189 aa  235  2e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.722742  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3574  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  58.38 
 
 
188 aa  235  3e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0949477  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1601  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  59.26 
 
 
189 aa  233  2.0000000000000002e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04190  uncharacterized anaerobic dehydrogenase  60.99 
 
 
187 aa  233  2.0000000000000002e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0619785 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5276  formate dehydrogenase, alpha subunit  60.33 
 
 
1095 aa  231  4.0000000000000004e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3728  formate dehydrogenase, alpha subunit  62.3 
 
 
1063 aa  229  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0214561  normal  0.0673651 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09590  uncharacterized anaerobic dehydrogenase  53.76 
 
 
188 aa  224  6e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2290  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  57.07 
 
 
187 aa  200  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0860  formate dehydrogenase, alpha subunit  56.18 
 
 
1039 aa  192  2e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5829  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  50.27 
 
 
206 aa  180  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.25228 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0612  formate dehydrogenase, alpha subunit  54.22 
 
 
1118 aa  165  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0827  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.53 
 
 
1050 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.798346  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0282  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  47.02 
 
 
202 aa  142  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1335  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  43.79 
 
 
189 aa  142  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2590  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40 
 
 
196 aa  141  5e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2268  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  44.12 
 
 
190 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0761  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.86 
 
 
1003 aa  133  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.109779  normal  0.059567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1955  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.53 
 
 
1009 aa  132  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3374  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.34 
 
 
1061 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1059  formate dehydrogenase alpha subunit  42.94 
 
 
1010 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.080154 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3388  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.56 
 
 
1010 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1581  formate dehydrogenase  37.37 
 
 
216 aa  129  3e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.300092  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0971  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.85 
 
 
1011 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.893461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1273  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.64 
 
 
190 aa  128  6e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.337645  normal  0.677183 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2533  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.67 
 
 
1010 aa  127  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0777  formate dehydrogenase, major subunit, selenocysteine-containing  45.14 
 
 
1010 aa  126  2.0000000000000002e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1113  formate dehydrogenase  44.08 
 
 
204 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0716  formate dehydrogenase  41.52 
 
 
199 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1217  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.25 
 
 
1008 aa  125  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0663541 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0226  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.56 
 
 
1005 aa  124  7e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.174026  normal  0.0776388 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1868  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 
1020 aa  123  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2638  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.74 
 
 
1059 aa  122  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.409853 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1789  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 
1020 aa  122  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0035  formate dehydrogenase  43.06 
 
 
195 aa  122  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0057106  normal  0.285517 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2089  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.08 
 
 
191 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.578931  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1576  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  39.1 
 
 
200 aa  122  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21850  anaerobic dehydrogenase, typically selenocysteine-containing  37.85 
 
 
199 aa  121  5e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0765012 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2365  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.06 
 
 
1005 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.1698 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4271  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.41 
 
 
1016 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.12828  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11280  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.79 
 
 
1058 aa  119  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.786 
 
 
-
 
NC_002936  DET0187  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.1 
 
 
993 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.125328  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_176  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase alpha subunit  37.89 
 
 
993 aa  117  7e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000885934  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0165  formate dehydrogenase alpha subunit  37.89 
 
 
993 aa  117  9e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.410725  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0643  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.57 
 
 
1012 aa  115  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0165738 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1683  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  37.5 
 
 
199 aa  114  6e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.431387 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3512  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.55 
 
 
188 aa  114  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3510  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.97 
 
 
1015 aa  113  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.722583  normal  0.530799 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0646  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.86 
 
 
1013 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.166325 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0453  molybdopterin oxidoreductase  39.19 
 
 
210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.64299  normal  0.322102 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3044  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  40.97 
 
 
191 aa  111  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0555  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.16 
 
 
1012 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0813  formate dehydrogenase alpha subunit  37.76 
 
 
1014 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1570  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.43 
 
 
1014 aa  109  3e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2697  twin-arginine translocation pathway signal  33.15 
 
 
196 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00634293 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2007  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  32.11 
 
 
195 aa  106  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93426  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1826  formate dehydrogenase alpha subunit  32.81 
 
 
196 aa  106  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0501  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.06 
 
 
1012 aa  105  4e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.662776 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03779  formate dehydrogenase-O, major subunit  35.8 
 
 
1016 aa  104  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4280  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  35.8 
 
 
1016 aa  104  8e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4123  molybdopterin oxidoreductase alpha subunit  35.8 
 
 
1016 aa  104  8e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4122  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  35.8 
 
 
1016 aa  104  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4090  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.8 
 
 
1016 aa  104  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0800  formate dehydrogenase-O, major subunit, selenocysteine-containing  37.65 
 
 
232 aa  103  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4084  formate dehydrogenase  36.84 
 
 
195 aa  103  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2830  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.33 
 
 
199 aa  104  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.156041  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4598  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.49 
 
 
196 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0420797  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5532  formate dehydrogenase, nitrate-inducible, major subunit  31.61 
 
 
196 aa  102  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3545  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.49 
 
 
196 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0820445  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4383  twin-arginine translocation pathway signal  36.49 
 
 
196 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3983  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.49 
 
 
196 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63605  formate dehydrogenase-O, major subunit  31.61 
 
 
1026 aa  101  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3491  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.67 
 
 
196 aa  101  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2101  molybdopterin oxidoreductase  36.49 
 
 
196 aa  100  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.48283 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1210  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.33 
 
 
1066 aa  99.8  2e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4119  aerobic formate dehydrogenase subunit alpha  34.86 
 
 
1015 aa  99.8  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2554  formate dehydrogenase-O, major subunit  35.81 
 
 
214 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3878  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.49 
 
 
196 aa  99.8  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.297199  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0037  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  34.86 
 
 
195 aa  99.8  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3376  formate dehydrogenase  36.49 
 
 
196 aa  99.8  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803243  normal  0.85496 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2055  formate dehydrogenase  36.67 
 
 
195 aa  99.4  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3770  formate dehydrogenase, alpha subunit, selenocysteine-containing  34.86 
 
 
1015 aa  99.8  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2174  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  36.67 
 
 
195 aa  99  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.207162  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6561  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.81 
 
 
196 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0173602  normal  0.0279296 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4517  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.81 
 
 
196 aa  99.4  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.744622  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0083  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  35.53 
 
 
195 aa  99  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01432  formate dehydrogenase-N, alpha subunit, nitrate-inducible  36.67 
 
 
1015 aa  98.6  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1557  formate dehydrogenase, nitrate inducible, alpha subunit, selenocysteine-containing  36.67 
 
 
1015 aa  98.6  5e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.468579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2183  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.67 
 
 
1015 aa  98.6  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.668487  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0522  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  31.94 
 
 
196 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>