204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2039 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  100 
 
 
339 aa  665    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  51.2 
 
 
333 aa  308  9e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  56.96 
 
 
329 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  52.68 
 
 
329 aa  286  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  47.8 
 
 
356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  46.95 
 
 
338 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  40.72 
 
 
344 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  44.92 
 
 
337 aa  229  5e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  45.24 
 
 
333 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  38.39 
 
 
336 aa  208  1e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.86 
 
 
349 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  39.01 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  38.76 
 
 
356 aa  199  7.999999999999999e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  38.72 
 
 
341 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  39.13 
 
 
334 aa  196  6e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  38.79 
 
 
341 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  38.86 
 
 
343 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  40.07 
 
 
353 aa  194  2e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  38.41 
 
 
332 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  38.25 
 
 
343 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  36.25 
 
 
337 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  37.12 
 
 
340 aa  190  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0467  malate/L-lactate dehydrogenase  38.12 
 
 
344 aa  189  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4140  putative L-malate dehydrogenase  39.13 
 
 
334 aa  189  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  37.65 
 
 
343 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  36.83 
 
 
340 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0565  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  38.12 
 
 
344 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  36.5 
 
 
340 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.69 
 
 
344 aa  186  4e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  36.5 
 
 
340 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  36.5 
 
 
340 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  36.2 
 
 
340 aa  186  6e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1423  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.81 
 
 
344 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2191  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.81 
 
 
344 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7734  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0876  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.81 
 
 
344 aa  185  7e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1882  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.89 
 
 
346 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  36.2 
 
 
340 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  34.34 
 
 
348 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  37.92 
 
 
344 aa  180  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  36.94 
 
 
343 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  37.54 
 
 
350 aa  180  4e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.09 
 
 
350 aa  179  5.999999999999999e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2116  malate/L-lactate dehydrogenase  37.05 
 
 
339 aa  179  9e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.4 
 
 
332 aa  176  4e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  37.73 
 
 
345 aa  176  6e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  37.85 
 
 
341 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  36.2 
 
 
345 aa  175  9.999999999999999e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  33.72 
 
 
351 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  36.84 
 
 
328 aa  172  9e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  34.37 
 
 
349 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.48 
 
 
344 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  40.06 
 
 
331 aa  171  2e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  33.23 
 
 
336 aa  167  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  31.46 
 
 
335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  31.46 
 
 
335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  31.46 
 
 
335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  37.31 
 
 
349 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  36.92 
 
 
349 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  36.92 
 
 
349 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.964668 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  32.33 
 
 
361 aa  158  1e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5101  malate/L-lactate dehydrogenase  40.92 
 
 
331 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.540647 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  34.78 
 
 
348 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  34.97 
 
 
319 aa  158  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.54 
 
 
353 aa  156  4e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  32.97 
 
 
351 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6359  malate/L-lactate dehydrogenase  36.74 
 
 
349 aa  150  2e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.137633  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  36.62 
 
 
352 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4858  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.6 
 
 
333 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.169234 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  28.35 
 
 
336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  34.6 
 
 
347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  32.22 
 
 
337 aa  145  8.000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.48 
 
 
353 aa  143  3e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  37.99 
 
 
369 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  33.84 
 
 
347 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  35.2 
 
 
349 aa  140  3e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  35.94 
 
 
369 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.36 
 
 
360 aa  140  3.9999999999999997e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.6 
 
 
732 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  37.55 
 
 
369 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  34.1 
 
 
347 aa  139  6e-32  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  34.92 
 
 
345 aa  139  7e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  38.18 
 
 
369 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  38.18 
 
 
369 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  38.18 
 
 
369 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  30.45 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.21 
 
 
383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.13 
 
 
334 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  36.56 
 
 
368 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.69 
 
 
344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  37.7 
 
 
356 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4818  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.79 
 
 
334 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.949996  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  36.77 
 
 
369 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  33.05 
 
 
362 aa  133  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  34.78 
 
 
375 aa  132  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  33.82 
 
 
358 aa  132  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.73 
 
 
364 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.01 
 
 
346 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  37 
 
 
351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  28.22 
 
 
349 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  32.53 
 
 
334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.85901 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>