202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2546 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  100 
 
 		 351 aa  702    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.42 
 
 		 349 aa  211  1e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  35.55 
 
 		 351 aa  210  3e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  37.76 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  37.17 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  37.17 
 
 		 349 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  34.78 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  34.31 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  34.12 
 
 		 349 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  35.83 
 
 		 349 aa  196  6e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  34.12 
 
 		 349 aa  196  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  33.82 
 
 		 349 aa  195  9e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  33.64 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  33.64 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.85 
 
 		 372 aa  194  1e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  33.64 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.31 
 
 		 353 aa  193  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  34.99 
 
 		 375 aa  191  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.77 
 
 		 364 aa  191  2e-47  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  34.38 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  34.52 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  34.52 
 
 		 349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0562  ureidoglycolate dehydrogenase  34.52 
 
 		 349 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  34.19 
 
 		 349 aa  188  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  34.52 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  34.52 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00472  hypothetical protein  34.52 
 
 		 349 aa  187  3e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  35.28 
 
 		 336 aa  186  4e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.96 
 
 		 383 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  35.07 
 
 		 348 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.55 
 
 		 364 aa  183  3e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.46 
 
 		 357 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.21 
 
 		 355 aa  182  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  35.91 
 
 		 349 aa  180  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  32.26 
 
 		 347 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.12 
 
 		 361 aa  177  3e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 360 aa  176  4e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.33 
 
 		 345 aa  176  4e-43  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.54 
 
 		 334 aa  176  5e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 		 353 aa  176  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.16 
 
 		 732 aa  176  6e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0320  malate dehydrogenase (NAD)  34.01 
 
 		 381 aa  175  9.999999999999999e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  35.76 
 
 		 365 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  31.38 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  32.55 
 
 		 345 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.81 
 
 		 359 aa  173  5e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  31.96 
 
 		 347 aa  173  5e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  34.85 
 
 		 334 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.27 
 
 		 344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  34.67 
 
 		 351 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  33.82 
 
 		 343 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  29.26 
 
 		 376 aa  161  1e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  33.99 
 
 		 345 aa  160  4e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2457  malate/L-lactate dehydrogenase  35.76 
 
 		 356 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  34.14 
 
 		 337 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  31.99 
 
 		 362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  33.83 
 
 		 341 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  31.75 
 
 		 337 aa  155  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.52 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  33.53 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  34.83 
 
 		 341 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.14 
 
 		 353 aa  154  2e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  32.44 
 
 		 356 aa  153  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1446  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.81 
 
 		 377 aa  152  7e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0751418 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  32.94 
 
 		 341 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  32.97 
 
 		 339 aa  152  1e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  33.33 
 
 		 343 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  33.82 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  28.02 
 
 		 358 aa  149  1.0000000000000001e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.97 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12130  malate dehydrogenase (NAD)  28.24 
 
 		 369 aa  146  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  32.25 
 
 		 349 aa  145  8.000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.54 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.18 
 
 		 355 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  32.87 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.52 
 
 		 332 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.55 
 
 		 344 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.21 
 
 		 350 aa  142  7e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 343 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3548  malate/L-lactate dehydrogenase  31.29 
 
 		 358 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0039901  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  30.81 
 
 		 343 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  32.39 
 
 		 350 aa  139  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  30.29 
 
 		 368 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  28.91 
 
 		 337 aa  139  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.36 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3965  malate/L-lactate dehydrogenase  30.29 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  28.86 
 
 		 362 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  30.14 
 
 		 352 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.79 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  31.73 
 
 		 355 aa  138  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  32.29 
 
 		 348 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5343  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.53 
 
 		 353 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218988 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3293  malate/L-lactate dehydrogenase  30.96 
 
 		 360 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769651  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  30.95 
 
 		 333 aa  135  9e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  30.45 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  31.12 
 
 		 348 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3802  malate/L-lactate dehydrogenase  32.15 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.974192 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  31.47 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0042  malate/L-lactate dehydrogenase  27.11 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.18 
 
 		 356 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>