201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0941 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 
344 aa  669    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  69.79 
 
 
344 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  67.15 
 
 
345 aa  457  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  70.96 
 
 
343 aa  452  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  67.06 
 
 
343 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  67.44 
 
 
345 aa  449  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  61.05 
 
 
319 aa  396  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  52.78 
 
 
336 aa  348  8e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4140  putative L-malate dehydrogenase  54.98 
 
 
334 aa  335  5.999999999999999e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  54.08 
 
 
334 aa  333  3e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  51.34 
 
 
340 aa  329  3e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  51.05 
 
 
340 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  51.54 
 
 
337 aa  328  1.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  51.05 
 
 
340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  50.45 
 
 
340 aa  325  6e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1423  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  51.65 
 
 
344 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2191  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  51.65 
 
 
344 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7734  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0876  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  51.65 
 
 
344 aa  325  9e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  51.65 
 
 
344 aa  324  1e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0467  malate/L-lactate dehydrogenase  51.65 
 
 
344 aa  324  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  50.45 
 
 
340 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  50.45 
 
 
340 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0565  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  51.65 
 
 
344 aa  323  2e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  50.45 
 
 
340 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  50.62 
 
 
348 aa  321  9.000000000000001e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1882  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  55.02 
 
 
346 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  45.99 
 
 
356 aa  264  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  41.92 
 
 
343 aa  233  5e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  40.72 
 
 
341 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  40.79 
 
 
332 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2116  malate/L-lactate dehydrogenase  40.47 
 
 
339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  42.81 
 
 
343 aa  225  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  43.66 
 
 
350 aa  224  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  43.95 
 
 
350 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  40.12 
 
 
341 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  43.11 
 
 
343 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  40.9 
 
 
341 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  37.39 
 
 
349 aa  201  1.9999999999999998e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  41.27 
 
 
333 aa  196  5.000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.92 
 
 
339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  35.21 
 
 
344 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.3 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.18 
 
 
356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.76 
 
 
332 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  40.53 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.87 
 
 
338 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  35.33 
 
 
336 aa  159  7e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.77 
 
 
329 aa  159  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.38 
 
 
333 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.62 
 
 
349 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  34.63 
 
 
337 aa  143  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  35.35 
 
 
352 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  35.58 
 
 
337 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  32.51 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  32.51 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  32.51 
 
 
335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  30.96 
 
 
351 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.56 
 
 
732 aa  139  6e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6359  malate/L-lactate dehydrogenase  35.42 
 
 
349 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.137633  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  33.21 
 
 
348 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  35.1 
 
 
328 aa  137  4e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.58 
 
 
344 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  32.36 
 
 
353 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  36.26 
 
 
334 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.68 
 
 
383 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5101  malate/L-lactate dehydrogenase  37.83 
 
 
331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.540647 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.86 
 
 
349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.86 
 
 
349 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  27.38 
 
 
336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  30.14 
 
 
349 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.39 
 
 
345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.31 
 
 
345 aa  126  5e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  31.89 
 
 
349 aa  126  6e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  27.94 
 
 
358 aa  122  6e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  25.91 
 
 
376 aa  122  8e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.92 
 
 
355 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.25 
 
 
334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4260  malate/L-lactate dehydrogenase  32.18 
 
 
364 aa  121  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  29.24 
 
 
368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  32.26 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  32.26 
 
 
369 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  28.31 
 
 
328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.7 
 
 
378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.89 
 
 
345 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  32.26 
 
 
369 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  31.19 
 
 
347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.5 
 
 
360 aa  120  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  31.29 
 
 
347 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  31.29 
 
 
347 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  29.94 
 
 
351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  30.8 
 
 
349 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  30.8 
 
 
349 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  30.8 
 
 
349 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  30.8 
 
 
349 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  29.72 
 
 
369 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.08 
 
 
353 aa  119  7.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.64 
 
 
346 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  31.85 
 
 
369 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  28.44 
 
 
349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  28.44 
 
 
349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>