202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0106 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  100 
 
 		 346 aa  685    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  61.03 
 
 		 337 aa  400  9.999999999999999e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  56.68 
 
 		 345 aa  353  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  53.82 
 
 		 344 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  50.15 
 
 		 334 aa  305  6e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.71 
 
 		 349 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  37.12 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  33.33 
 
 		 328 aa  178  1e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  35.6 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.27 
 
 		 345 aa  176  6e-43  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  36.11 
 
 		 349 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.49 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.49 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  32.55 
 
 		 347 aa  170  3e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.44 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  30.68 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  30.68 
 
 		 347 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  30.84 
 
 		 335 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  30.84 
 
 		 335 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  32.52 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  30.84 
 
 		 335 aa  166  5e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.76 
 
 		 383 aa  163  3e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.65 
 
 		 332 aa  157  3e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  35.2 
 
 		 351 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  31.07 
 
 		 351 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.63 
 
 		 353 aa  152  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.61 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  34.03 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  33.86 
 
 		 349 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.4 
 
 		 353 aa  147  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  27.57 
 
 		 376 aa  147  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  33.53 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  1 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  30.49 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.12 
 
 		 338 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  36.39 
 
 		 333 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  34.01 
 
 		 339 aa  142  6e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  31.92 
 
 		 349 aa  142  7e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0562  ureidoglycolate dehydrogenase  31.16 
 
 		 349 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  30.88 
 
 		 349 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  30.88 
 
 		 349 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  31.16 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  30.88 
 
 		 349 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  29.31 
 
 		 358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  31.17 
 
 		 353 aa  139  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  30.88 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00472  hypothetical protein  30.88 
 
 		 349 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.27 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  32.65 
 
 		 364 aa  135  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.25 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  36.74 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  28.7 
 
 		 336 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  29.75 
 
 		 349 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  29.75 
 
 		 349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  29.46 
 
 		 349 aa  133  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.18 
 
 		 362 aa  132  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  29.18 
 
 		 349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.75 
 
 		 367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.63 
 
 		 359 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  33.64 
 
 		 344 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.03 
 
 		 364 aa  129  6e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  30.06 
 
 		 356 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  29.94 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  28.4 
 
 		 362 aa  127  3e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  29.62 
 
 		 340 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  29.62 
 
 		 340 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  29.91 
 
 		 340 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  31.27 
 
 		 348 aa  126  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  30.52 
 
 		 343 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.4 
 
 		 329 aa  125  8.000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0576  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.47 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.939938  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.45 
 
 		 356 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  29.94 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  33.66 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  29.62 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.79 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  27.99 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  30.18 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.63 
 
 		 355 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  29.33 
 
 		 340 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  29.53 
 
 		 343 aa  124  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 		 350 aa  123  4e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  30.42 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  31.53 
 
 		 364 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  30.54 
 
 		 334 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.41 
 
 		 355 aa  123  5e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  31.53 
 
 		 364 aa  123  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  30.15 
 
 		 341 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  33.23 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  27.92 
 
 		 362 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.38 
 
 		 732 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.85 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  31.06 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.12 
 
 		 354 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  30.15 
 
 		 332 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  29.84 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  32.43 
 
 		 344 aa  119  7e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  29.28 
 
 		 344 aa  119  7e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3293  malate/L-lactate dehydrogenase  32 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769651  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  29.25 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>