202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0559 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 350 aa  712    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.88 
 
 		 354 aa  249  6e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.86 
 
 		 353 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  41.97 
 
 		 355 aa  224  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  38.15 
 
 		 362 aa  223  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  41.01 
 
 		 364 aa  222  7e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  38.17 
 
 		 364 aa  222  9e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.07 
 
 		 355 aa  222  9e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.31 
 
 		 355 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  38.18 
 
 		 364 aa  218  1e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  37.25 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  40.34 
 
 		 353 aa  213  4.9999999999999996e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.86 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  37.25 
 
 		 367 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  40.13 
 
 		 369 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  40.13 
 
 		 369 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.95 
 
 		 340 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  40.13 
 
 		 369 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  37.46 
 
 		 369 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  38.51 
 
 		 369 aa  203  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  42.14 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  37.18 
 
 		 369 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  36.89 
 
 		 369 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.56 
 
 		 340 aa  199  7e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  37.1 
 
 		 361 aa  195  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  37.1 
 
 		 361 aa  195  9e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.1 
 
 		 361 aa  195  9e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  37.1 
 
 		 361 aa  195  9e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  37.1 
 
 		 361 aa  195  9e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  37.1 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  37.1 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  37.1 
 
 		 361 aa  195  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  36.45 
 
 		 361 aa  193  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 		 353 aa  182  8.000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3587  malate/L-lactate dehydrogenase  32.4 
 
 		 366 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4277  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.75 
 
 		 361 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  34.14 
 
 		 361 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3548  malate/L-lactate dehydrogenase  32.75 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0039901  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1710  malate/L-lactate dehydrogenase  31.09 
 
 		 361 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  30.53 
 
 		 361 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.36 
 
 		 353 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  31.99 
 
 		 358 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.18 
 
 		 378 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  31.18 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.14 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.77 
 
 		 345 aa  152  8e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4538  malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 		 354 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  32.54 
 
 		 353 aa  150  3e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.77 
 
 		 732 aa  146  6e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  31.12 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5343  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.92 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218988 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.83 
 
 		 367 aa  143  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.19 
 
 		 383 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.13 
 
 		 344 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  32.08 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  30.35 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  30.63 
 
 		 351 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3965  malate/L-lactate dehydrogenase  34.3 
 
 		 354 aa  139  7e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.83 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  32.39 
 
 		 351 aa  139  7.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  32.82 
 
 		 336 aa  138  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.89 
 
 		 364 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  28.49 
 
 		 345 aa  138  2e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.61 
 
 		 355 aa  136  6.0000000000000005e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  33.56 
 
 		 349 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.18 
 
 		 350 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.56 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.56 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0042  malate/L-lactate dehydrogenase  27.3 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5412  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.12 
 
 		 351 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.584123  hitchhiker  0.00277603 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12130  malate dehydrogenase (NAD)  30.18 
 
 		 369 aa  133  6e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  32.29 
 
 		 343 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.56 
 
 		 360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3293  malate/L-lactate dehydrogenase  32.19 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  32.66 
 
 		 339 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2393  malate/L-lactate dehydrogenase  29.62 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3972  malate/L-lactate dehydrogenase  31.67 
 
 		 353 aa  130  5.0000000000000004e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.901224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  27.51 
 
 		 347 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03427  2,3-diketo-L-gulonate dehydrogenase, NADH-dependent  26.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0135  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0139  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.62 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3898  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.38 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03378  hypothetical protein  26.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3779  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.09 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  36.65 
 
 		 329 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  36.69 
 
 		 333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  32.68 
 
 		 349 aa  128  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.92 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  26.8 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  30.95 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  29.52 
 
 		 365 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  30.66 
 
 		 349 aa  127  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  30.66 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00472  hypothetical protein  30.66 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4072  2,3-diketo-L-gulonate reductase  25.8 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3947  2,3-diketo-L-gulonate reductase  30.31 
 
 		 329 aa  125  8.000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  30.95 
 
 		 349 aa  125  9e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  35.95 
 
 		 341 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0759  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.98 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00167663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>