203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_0825 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  98.89 
 
 
361 aa  742    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  98.89 
 
 
361 aa  742    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  99.17 
 
 
361 aa  744    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  100 
 
 
361 aa  747    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  98.89 
 
 
361 aa  740    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  99.17 
 
 
361 aa  743    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  98.89 
 
 
361 aa  742    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  98.06 
 
 
361 aa  739    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  98.89 
 
 
361 aa  742    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  65.92 
 
 
362 aa  496  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  55.25 
 
 
368 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  55.52 
 
 
369 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  55.24 
 
 
369 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  54.67 
 
 
369 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  55.24 
 
 
369 aa  391  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  54.96 
 
 
369 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  55.24 
 
 
369 aa  392  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  54.67 
 
 
369 aa  387  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  56.46 
 
 
367 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  50.86 
 
 
364 aa  338  8e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  49.71 
 
 
364 aa  329  4e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  42.06 
 
 
362 aa  285  7e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  43.03 
 
 
340 aa  281  2e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  44.54 
 
 
364 aa  276  5e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  42.94 
 
 
353 aa  269  5e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  43.14 
 
 
354 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.52 
 
 
340 aa  260  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  40.92 
 
 
355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  43.84 
 
 
353 aa  253  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  40.35 
 
 
355 aa  251  1e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  41.03 
 
 
355 aa  249  4e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.95 
 
 
378 aa  249  4e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  39.34 
 
 
358 aa  247  3e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  40.22 
 
 
361 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  44.06 
 
 
352 aa  245  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  37.18 
 
 
361 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3587  malate/L-lactate dehydrogenase  37.5 
 
 
366 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  37.96 
 
 
356 aa  233  3e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4277  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.54 
 
 
361 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1710  malate/L-lactate dehydrogenase  36.86 
 
 
361 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.21 
 
 
353 aa  219  6e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  37.1 
 
 
350 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.63 
 
 
361 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  33.23 
 
 
375 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.95 
 
 
349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  35 
 
 
353 aa  166  4e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  33.63 
 
 
345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  32.54 
 
 
348 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.22 
 
 
367 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.68 
 
 
355 aa  160  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  32.74 
 
 
347 aa  159  9e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.92 
 
 
359 aa  158  1e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  32.14 
 
 
347 aa  156  6e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  32.76 
 
 
345 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  32.74 
 
 
347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0320  malate dehydrogenase (NAD)  28.29 
 
 
381 aa  151  2e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.25 
 
 
364 aa  150  3e-35  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.53 
 
 
732 aa  150  5e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.38 
 
 
364 aa  147  3e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  30.92 
 
 
376 aa  147  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.12 
 
 
357 aa  145  9e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  31.04 
 
 
341 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3965  malate/L-lactate dehydrogenase  29.46 
 
 
354 aa  143  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  31.45 
 
 
341 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  31.08 
 
 
332 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.02 
 
 
334 aa  139  6e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.27 
 
 
372 aa  139  8.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  28.12 
 
 
365 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12130  malate dehydrogenase (NAD)  30.46 
 
 
369 aa  139  1e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.94 
 
 
383 aa  138  1e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1446  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.92 
 
 
377 aa  138  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0751418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  35.06 
 
 
343 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.4 
 
 
350 aa  137  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  31.9 
 
 
362 aa  136  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  26.04 
 
 
358 aa  136  7.000000000000001e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.45 
 
 
360 aa  136  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3548  malate/L-lactate dehydrogenase  26.5 
 
 
358 aa  135  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0039901  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.47 
 
 
353 aa  135  8e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5343  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.14 
 
 
353 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.218988 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  30.06 
 
 
348 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  29.49 
 
 
351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  29.97 
 
 
349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3972  malate/L-lactate dehydrogenase  29.01 
 
 
353 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.901224  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  29.19 
 
 
335 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  29.19 
 
 
335 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  29.19 
 
 
335 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  28.27 
 
 
351 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.26 
 
 
355 aa  132  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  31.17 
 
 
343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  29.48 
 
 
349 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  31.63 
 
 
351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  28.16 
 
 
361 aa  130  3e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  29.67 
 
 
345 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  30.77 
 
 
341 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0562  ureidoglycolate dehydrogenase  29.41 
 
 
349 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  30.23 
 
 
349 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  34.25 
 
 
340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  32.5 
 
 
340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4538  malate/L-lactate dehydrogenase  28.57 
 
 
354 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  29.13 
 
 
349 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>