202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0618 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 350 aa  692    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  49.85 
 
 		 360 aa  280  4e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  38.19 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.94 
 
 		 353 aa  194  3e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  36.04 
 
 		 348 aa  192  7e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  43 
 
 		 351 aa  190  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  33.53 
 
 		 361 aa  189  8e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  34.47 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.65 
 
 		 383 aa  182  1e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  33.9 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  34.03 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  33.73 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  34.03 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  34.03 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  33.53 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  33.53 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  33.53 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  34.23 
 
 		 349 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00472  hypothetical protein  34.23 
 
 		 349 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  34.23 
 
 		 349 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0562  ureidoglycolate dehydrogenase  34.23 
 
 		 349 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.22 
 
 		 349 aa  166  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  33.97 
 
 		 336 aa  165  9e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  34.23 
 
 		 349 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  33.93 
 
 		 349 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  33.93 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  33.93 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  34.7 
 
 		 368 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  31.61 
 
 		 364 aa  163  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  34.72 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  32.28 
 
 		 364 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  33.97 
 
 		 349 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.37 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.22 
 
 		 353 aa  159  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  34.25 
 
 		 362 aa  157  3e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.33 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.33 
 
 		 349 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  32.21 
 
 		 351 aa  155  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  36.31 
 
 		 367 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.99 
 
 		 338 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  33.44 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.49 
 
 		 364 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.29 
 
 		 353 aa  150  4e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.92 
 
 		 345 aa  150  4e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12130  malate dehydrogenase (NAD)  29.74 
 
 		 369 aa  150  4e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.54 
 
 		 362 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.86 
 
 		 732 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  31.4 
 
 		 361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  33.69 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.64 
 
 		 361 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  33.62 
 
 		 348 aa  146  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  31.05 
 
 		 362 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  31.4 
 
 		 361 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  33.77 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  31.61 
 
 		 353 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.62 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  33.77 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  31.1 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.1 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  31.18 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  31.1 
 
 		 361 aa  144  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  28.06 
 
 		 347 aa  142  6e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.75 
 
 		 372 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.14 
 
 		 355 aa  142  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.44 
 
 		 340 aa  142  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  30.81 
 
 		 361 aa  142  9e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  27.93 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.19 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.49 
 
 		 367 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  27.81 
 
 		 358 aa  141  1.9999999999999998e-32  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  27.14 
 
 		 376 aa  140  3.9999999999999997e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3839  Malate/L-lactate dehydrogenase  43.12 
 
 		 362 aa  140  4.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0537177  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  28.24 
 
 		 347 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0106  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  36.25 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0971738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  32.13 
 
 		 364 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  28.11 
 
 		 345 aa  139  1e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.36 
 
 		 332 aa  138  2e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  31.21 
 
 		 344 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1446  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.6 
 
 		 377 aa  136  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0751418 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.02 
 
 		 329 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.52 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  28.65 
 
 		 375 aa  132  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  29.76 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.98 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  29.76 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  30.06 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.1 
 
 		 359 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0320  malate dehydrogenase (NAD)  27.95 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.66 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  27.68 
 
 		 328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  30.41 
 
 		 340 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1597  2,3-diketo-L-gulonate reductase  28.35 
 
 		 334 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.87 
 
 		 355 aa  127  3e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  29.5 
 
 		 340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4053  2,3-diketo-L-gulonate reductase  28.09 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.771616  normal  0.431121 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3946  2,3-diketo-L-gulonate reductase  28.09 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3882  2,3-diketo-L-gulonate reductase  28.09 
 
 		 332 aa  127  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>