More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3789 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 
732 aa  1391    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.26 
 
 
364 aa  208  4e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  33.93 
 
 
376 aa  199  1.0000000000000001e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  45.28 
 
 
359 aa  197  5.000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  44.92 
 
 
355 aa  197  5.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.81 
 
 
361 aa  195  3e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.67 
 
 
364 aa  192  1e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  36.6 
 
 
348 aa  187  5e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  36.86 
 
 
348 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  42.19 
 
 
383 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.25 
 
 
371 aa  183  8.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.54 
 
 
352 aa  182  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  32.51 
 
 
358 aa  181  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.89 
 
 
360 aa  180  7e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  36.16 
 
 
351 aa  180  8e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  34.87 
 
 
341 aa  178  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  35.96 
 
 
336 aa  177  6e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.47 
 
 
371 aa  177  8e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2887  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.79 
 
 
355 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.423656  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6847  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.34 
 
 
355 aa  176  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0118477  normal  0.782262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.77 
 
 
357 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  34.29 
 
 
332 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.69 
 
 
356 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.26 
 
 
358 aa  174  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  35.14 
 
 
364 aa  174  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  34.02 
 
 
335 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  34.02 
 
 
335 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.17 
 
 
367 aa  174  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  34.02 
 
 
335 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4369  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.52 
 
 
355 aa  174  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.99 
 
 
359 aa  173  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.16 
 
 
363 aa  173  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1446  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.29 
 
 
377 aa  173  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0751418 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0320  malate dehydrogenase (NAD)  40.39 
 
 
381 aa  173  1e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  34.29 
 
 
341 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  31.7 
 
 
351 aa  172  3e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1726  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2313  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.941716  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.172832  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0775  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0341042  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.33 
 
 
362 aa  171  5e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  32.79 
 
 
363 aa  171  5e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1852  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614244  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0523  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.653046  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1643  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.52 
 
 
355 aa  171  5e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.36 
 
 
357 aa  170  7e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.07 
 
 
351 aa  170  8e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.67 
 
 
372 aa  170  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2131  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.7 
 
 
355 aa  170  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.609597  normal  0.0221523 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  34 
 
 
364 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  31.64 
 
 
362 aa  169  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.22 
 
 
373 aa  169  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  37.68 
 
 
350 aa  169  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2311  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.25 
 
 
355 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  34.78 
 
 
343 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.75 
 
 
350 aa  168  2.9999999999999998e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.25 
 
 
355 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.79 
 
 
367 aa  168  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3576  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.7 
 
 
355 aa  168  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.7 
 
 
355 aa  168  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.6 
 
 
357 aa  167  4e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3952  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.7 
 
 
355 aa  168  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  34.51 
 
 
375 aa  167  5e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2143  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.43 
 
 
356 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.444097  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1670  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.11 
 
 
347 aa  167  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0674  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.97 
 
 
355 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00238259  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1819  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.97 
 
 
356 aa  167  5.9999999999999996e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.7246  normal  0.707373 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.43 
 
 
363 aa  167  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  37.61 
 
 
333 aa  167  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.91 
 
 
357 aa  167  9e-40  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.01 
 
 
358 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3847  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.43 
 
 
355 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.937841 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.32 
 
 
359 aa  165  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.63 
 
 
353 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3343  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.43 
 
 
355 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.32 
 
 
357 aa  166  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.9 
 
 
358 aa  164  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4627  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.43 
 
 
355 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391224  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2864  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.64 
 
 
372 aa  164  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.020128  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.24 
 
 
359 aa  164  5.0000000000000005e-39  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.54 
 
 
362 aa  164  6e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  32.96 
 
 
357 aa  162  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.79 
 
 
357 aa  163  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.7 
 
 
356 aa  162  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0745  3-isopropylmalate dehydrogenase  31.25 
 
 
365 aa  162  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000247717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  36.31 
 
 
343 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.24 
 
 
359 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.06 
 
 
338 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.95 
 
 
349 aa  162  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.53 
 
 
360 aa  162  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.52 
 
 
356 aa  162  3e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.18 
 
 
359 aa  162  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.25 
 
 
360 aa  161  4e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  34.38 
 
 
341 aa  161  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  34.46 
 
 
362 aa  161  4e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.6 
 
 
361 aa  161  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.61 
 
 
356 aa  160  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1546  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.91 
 
 
373 aa  160  7e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.178342  normal  0.073036 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12130  malate dehydrogenase (NAD)  31.18 
 
 
369 aa  160  7e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  33.82 
 
 
334 aa  160  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>