201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2325 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  96.08 
 
 		 332 aa  653    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 341 aa  692    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  95.89 
 
 		 341 aa  669    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  89.44 
 
 		 341 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  73.1 
 
 		 343 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  70.61 
 
 		 343 aa  480  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  70.41 
 
 		 343 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  67.25 
 
 		 350 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  66.96 
 
 		 350 aa  464  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  55.93 
 
 		 349 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  43.75 
 
 		 343 aa  249  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  43.45 
 
 		 334 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  41.89 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.3 
 
 		 344 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2116  malate/L-lactate dehydrogenase  41.94 
 
 		 339 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4140  putative L-malate dehydrogenase  42.56 
 
 		 334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  41.42 
 
 		 340 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  41.42 
 
 		 340 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  42.04 
 
 		 356 aa  233  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.61 
 
 		 345 aa  232  8.000000000000001e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  41.14 
 
 		 343 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  41.75 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  41.72 
 
 		 345 aa  229  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  40.59 
 
 		 340 aa  227  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  40.9 
 
 		 340 aa  226  3e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  39.83 
 
 		 340 aa  225  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  40.12 
 
 		 344 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  39.52 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1423  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.99 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2191  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.99 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7734  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0565  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.99 
 
 		 344 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0467  malate/L-lactate dehydrogenase  40.99 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0876  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.99 
 
 		 344 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  39.38 
 
 		 348 aa  218  8.999999999999998e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  40.87 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.37 
 
 		 344 aa  217  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1882  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.74 
 
 		 346 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.06 
 
 		 356 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  37.35 
 
 		 338 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  38.39 
 
 		 333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  38.79 
 
 		 339 aa  195  7e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  42.22 
 
 		 329 aa  192  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.88 
 
 		 319 aa  189  7e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  40.24 
 
 		 329 aa  189  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  35.67 
 
 		 344 aa  186  7e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  33.93 
 
 		 337 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5101  malate/L-lactate dehydrogenase  37.94 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.540647 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.93 
 
 		 349 aa  165  8e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.37 
 
 		 333 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.1 
 
 		 732 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  31.25 
 
 		 351 aa  164  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  31.8 
 
 		 336 aa  164  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  30.95 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  30.95 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  30.95 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  35.83 
 
 		 328 aa  159  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  31.12 
 
 		 336 aa  159  8e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  37.42 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.38 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  34.12 
 
 		 356 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  32.94 
 
 		 351 aa  152  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.24 
 
 		 378 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  32.34 
 
 		 358 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  30.95 
 
 		 369 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  31.53 
 
 		 348 aa  144  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  31.69 
 
 		 364 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.69 
 
 		 362 aa  143  5e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  31.45 
 
 		 361 aa  142  7e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  31.16 
 
 		 361 aa  142  8e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  31.16 
 
 		 361 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.3 
 
 		 383 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  30.37 
 
 		 369 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  30.86 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.86 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  31.69 
 
 		 364 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  30.86 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  30.86 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  30.86 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  30.86 
 
 		 361 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.95 
 
 		 340 aa  139  6e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4818  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.04 
 
 		 334 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.949996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  28.78 
 
 		 362 aa  139  7e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  29.91 
 
 		 347 aa  139  7.999999999999999e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.81 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.31 
 
 		 331 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  29.91 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  29.55 
 
 		 368 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  30.09 
 
 		 347 aa  138  2e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  28.29 
 
 		 361 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  32.87 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.38 
 
 		 355 aa  136  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3293  malate/L-lactate dehydrogenase  36.07 
 
 		 360 aa  135  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769651  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.87 
 
 		 355 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.54 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  29.8 
 
 		 369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  32.53 
 
 		 369 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.74 
 
 		 361 aa  133  5e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  29.8 
 
 		 369 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  29.8 
 
 		 369 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  35.63 
 
 		 344 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>