201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4855 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 356 aa  702    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  50.15 
 
 		 334 aa  308  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  49.7 
 
 		 337 aa  302  6.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  47.6 
 
 		 340 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4140  putative L-malate dehydrogenase  49.55 
 
 		 334 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1423  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  49.4 
 
 		 344 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2191  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  49.4 
 
 		 344 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7734  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0876  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  49.4 
 
 		 344 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0565  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  49.4 
 
 		 344 aa  294  2e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  48.65 
 
 		 340 aa  294  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  47.04 
 
 		 340 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0467  malate/L-lactate dehydrogenase  49.4 
 
 		 344 aa  293  4e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  47.46 
 
 		 340 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  47.46 
 
 		 340 aa  291  8e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  46.71 
 
 		 340 aa  290  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  48.2 
 
 		 344 aa  289  4e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  47.31 
 
 		 340 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  47.31 
 
 		 336 aa  286  2.9999999999999996e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1882  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  48.81 
 
 		 346 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  44.48 
 
 		 343 aa  272  5.000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  45.06 
 
 		 345 aa  266  4e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  45.99 
 
 		 344 aa  264  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  43.02 
 
 		 348 aa  264  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  44.41 
 
 		 344 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  44.58 
 
 		 345 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  43.47 
 
 		 343 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2116  malate/L-lactate dehydrogenase  40.73 
 
 		 339 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  42.24 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  42.64 
 
 		 341 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  42.51 
 
 		 332 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  42.04 
 
 		 341 aa  233  5e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  41.05 
 
 		 319 aa  230  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  42.51 
 
 		 350 aa  225  1e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  41.79 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  42.02 
 
 		 343 aa  222  6e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.92 
 
 		 350 aa  222  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  42.12 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  38.76 
 
 		 339 aa  199  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.75 
 
 		 329 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  35.22 
 
 		 344 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  40.3 
 
 		 329 aa  191  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  37.65 
 
 		 349 aa  186  4e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  37.54 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  35.13 
 
 		 335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  35.13 
 
 		 335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  35.13 
 
 		 335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.33 
 
 		 356 aa  167  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  37.74 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  34.55 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  37.34 
 
 		 353 aa  164  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  36.26 
 
 		 349 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  36.57 
 
 		 349 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  36.26 
 
 		 349 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  34.49 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.49 
 
 		 333 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.82 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  36.69 
 
 		 328 aa  158  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.03 
 
 		 349 aa  157  4e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  30.36 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5101  malate/L-lactate dehydrogenase  35.35 
 
 		 331 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.540647 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  32.44 
 
 		 351 aa  153  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  33.86 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  31.56 
 
 		 348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.24 
 
 		 331 aa  145  8.000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  33.55 
 
 		 337 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  36.07 
 
 		 356 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.92 
 
 		 353 aa  139  7.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  31.09 
 
 		 361 aa  137  2e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  28.7 
 
 		 351 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.95 
 
 		 334 aa  137  3.0000000000000003e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  32.65 
 
 		 369 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  32.26 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  32.35 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  32.35 
 
 		 369 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  32.35 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.76 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  32.35 
 
 		 369 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.03 
 
 		 732 aa  132  9e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  32.15 
 
 		 369 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  31.17 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  28.22 
 
 		 347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 378 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  27.76 
 
 		 345 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  34.6 
 
 		 358 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  32.84 
 
 		 367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  33.13 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  32.83 
 
 		 345 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  32.04 
 
 		 365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  29.39 
 
 		 347 aa  126  6e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  27.44 
 
 		 349 aa  125  9e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  32.54 
 
 		 369 aa  125  9e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  27.13 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  29.03 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.65 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  27.49 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  27.44 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6359  malate/L-lactate dehydrogenase  32.51 
 
 		 349 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.137633  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4818  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.7 
 
 		 334 aa  123  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.949996  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  32.49 
 
 		 344 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  32.95 
 
 		 361 aa  122  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>