201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3323 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 
348 aa  714    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  59.16 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0467  malate/L-lactate dehydrogenase  54.82 
 
 
344 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1423  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  54.22 
 
 
344 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  52.51 
 
 
340 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  52.68 
 
 
340 aa  368  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  52.51 
 
 
340 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2191  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  54.22 
 
 
344 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7734  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0565  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  54.52 
 
 
344 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0876  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  54.22 
 
 
344 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  52.05 
 
 
340 aa  366  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  52.68 
 
 
340 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  52.38 
 
 
340 aa  368  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  51.79 
 
 
340 aa  363  3e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1882  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  53.89 
 
 
346 aa  362  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  53.01 
 
 
344 aa  361  1e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  54.35 
 
 
334 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4140  putative L-malate dehydrogenase  55.56 
 
 
334 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  52.2 
 
 
343 aa  338  7e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  49.12 
 
 
337 aa  331  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  49.85 
 
 
343 aa  325  5e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  50.62 
 
 
344 aa  321  9.000000000000001e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  50.63 
 
 
345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  49.53 
 
 
344 aa  315  9e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  51.96 
 
 
345 aa  312  5.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  43.02 
 
 
356 aa  264  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  44.65 
 
 
319 aa  262  8e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2116  malate/L-lactate dehydrogenase  38.62 
 
 
339 aa  227  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  40.5 
 
 
341 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  38.24 
 
 
350 aa  226  6e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.01 
 
 
350 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  38.32 
 
 
343 aa  223  4e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  40.44 
 
 
332 aa  222  9e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  39.05 
 
 
343 aa  220  3e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  39.38 
 
 
341 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  39.62 
 
 
341 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  37.61 
 
 
343 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  36.5 
 
 
349 aa  204  2e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  36.23 
 
 
333 aa  192  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  33.63 
 
 
344 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.03 
 
 
338 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  32.72 
 
 
336 aa  160  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  34.78 
 
 
339 aa  157  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.65 
 
 
356 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  35.67 
 
 
329 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  34.88 
 
 
329 aa  156  6e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.8 
 
 
333 aa  149  5e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  30.88 
 
 
328 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.44 
 
 
353 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.44 
 
 
332 aa  143  4e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  31.31 
 
 
337 aa  143  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5101  malate/L-lactate dehydrogenase  32.03 
 
 
331 aa  139  8.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.540647 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.86 
 
 
353 aa  135  7.000000000000001e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  32.09 
 
 
352 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.99 
 
 
331 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3293  malate/L-lactate dehydrogenase  36.21 
 
 
360 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769651  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  31.12 
 
 
351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  32.38 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  32.38 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  32.38 
 
 
335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.23 
 
 
732 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  30.59 
 
 
337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6359  malate/L-lactate dehydrogenase  32.62 
 
 
349 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.137633  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.09 
 
 
383 aa  124  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  31.5 
 
 
348 aa  123  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  30.15 
 
 
347 aa  123  6e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  28.7 
 
 
347 aa  122  7e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.62 
 
 
360 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.63 
 
 
345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  30.89 
 
 
351 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  28.22 
 
 
336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  36.32 
 
 
334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  30.93 
 
 
362 aa  120  3.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  27.61 
 
 
368 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  32.46 
 
 
351 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  34.02 
 
 
369 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  30.48 
 
 
347 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.2 
 
 
349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  32.92 
 
 
369 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  33.79 
 
 
369 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  33.79 
 
 
369 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  32.92 
 
 
369 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  27.84 
 
 
358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  29.55 
 
 
376 aa  116  5e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  33.33 
 
 
369 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.18 
 
 
344 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.6 
 
 
345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.76 
 
 
345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  32.5 
 
 
369 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  30.17 
 
 
353 aa  114  4.0000000000000004e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  29.72 
 
 
349 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.12 
 
 
349 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.12 
 
 
349 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  30.5 
 
 
349 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  30.5 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  30.5 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.31 
 
 
355 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  30.28 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  30.28 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  30.5 
 
 
349 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.131047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>