203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3386 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 344 aa  688    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  45.51 
 
 		 329 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5101  malate/L-lactate dehydrogenase  46.57 
 
 		 331 aa  246  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.540647 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1771  malate dehydrogenase (NADP+)  42.17 
 
 		 333 aa  237  2e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  40.72 
 
 		 339 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  42.3 
 
 		 356 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  43.95 
 
 		 329 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3531  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  39.21 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3821  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.5 
 
 		 333 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.56864  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1882  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  37.28 
 
 		 346 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2071  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  36.61 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0467  malate/L-lactate dehydrogenase  36.9 
 
 		 344 aa  206  7e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0193555  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0565  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  36.9 
 
 		 344 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0890  malate dehydrogenase (NADP(+))  38.96 
 
 		 337 aa  205  9e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.416405  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1423  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  36.61 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5095  malate/L-sulfolactate dehydrogenase  35.61 
 
 		 336 aa  203  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.394875  normal  0.613713 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2191  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  36.61 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7734  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0876  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  36.61 
 
 		 344 aa  203  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  34.81 
 
 		 340 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  34.51 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  34.4 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  35.84 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  37.69 
 
 		 343 aa  196  5.000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  34.5 
 
 		 340 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  34.5 
 
 		 340 aa  196  6e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4451  malate/L-lactate dehydrogenase  34.52 
 
 		 340 aa  192  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.932071  normal  0.983575 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  35.22 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48020  putative L-malate dehydrogenase  35.65 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00543766  normal  0.806598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  36.47 
 
 		 341 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  36.47 
 
 		 332 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  36.34 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4140  putative L-malate dehydrogenase  36.56 
 
 		 334 aa  186  6e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  35.67 
 
 		 341 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2141  malate/L-lactate dehydrogenase  36.89 
 
 		 328 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.437506  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  35.54 
 
 		 343 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  34.63 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3323  malate/L-lactate dehydrogenase  33.63 
 
 		 348 aa  179  4.999999999999999e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.115763 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.93 
 
 		 344 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  34.12 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  34.04 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  37.85 
 
 		 350 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  35.21 
 
 		 344 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2116  malate/L-lactate dehydrogenase  35.05 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.71 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  34.65 
 
 		 341 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  35.76 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1835  malate/L-lactate dehydrogenase  32.05 
 
 		 337 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.722064  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4818  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.23 
 
 		 334 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.949996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.74 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  33.44 
 
 		 353 aa  158  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0219  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  32.94 
 
 		 319 aa  157  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  31.03 
 
 		 336 aa  151  1e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1014  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.53 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.928457  normal  0.525651 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4858  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.4 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.169234 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.94 
 
 		 355 aa  148  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.96 
 
 		 349 aa  143  4e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  31.87 
 
 		 347 aa  143  4e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  31.75 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.68 
 
 		 353 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  34.58 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  30.86 
 
 		 337 aa  140  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  27.36 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  27.36 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  27.36 
 
 		 335 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  28.44 
 
 		 361 aa  138  1e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  31.32 
 
 		 352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  27.86 
 
 		 351 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.16 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.46 
 
 		 344 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  32 
 
 		 732 aa  134  3e-30  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  30.65 
 
 		 348 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1122  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  27.36 
 
 		 328 aa  133  5e-30  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.658322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  28.82 
 
 		 351 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.98 
 
 		 345 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  29.9 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0618  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.21 
 
 		 350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.94 
 
 		 345 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  30.87 
 
 		 375 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2457  malate/L-lactate dehydrogenase  32.75 
 
 		 356 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6359  malate/L-lactate dehydrogenase  29.88 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.137633  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.26 
 
 		 360 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  27.76 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.76 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.76 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  34.22 
 
 		 362 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.3 
 
 		 367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.28 
 
 		 383 aa  119  6e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0562  ureidoglycolate dehydrogenase  25.77 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  25.77 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3096  ureidoglycolate dehydrogenase  25.46 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.5 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  25.46 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  28.08 
 
 		 350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  28.11 
 
 		 365 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3105  ureidoglycolate dehydrogenase  25.46 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00472  hypothetical protein  25.77 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0591  ureidoglycolate dehydrogenase  25.46 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.560596  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  25.77 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.36 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>