202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6588 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  90.76 
 
 		 358 aa  645    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 378 aa  746    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  81.23 
 
 		 356 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  54.83 
 
 		 361 aa  394  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  53.35 
 
 		 361 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3587  malate/L-lactate dehydrogenase  52.76 
 
 		 366 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1710  malate/L-lactate dehydrogenase  54.94 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4277  Malate/L-lactate dehydrogenase  54.42 
 
 		 361 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  45.18 
 
 		 368 aa  266  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  45.38 
 
 		 367 aa  264  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  41.57 
 
 		 364 aa  256  5e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  39.67 
 
 		 361 aa  250  2e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  39.95 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  39.67 
 
 		 361 aa  249  6e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  39.67 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.67 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  39.67 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  39.67 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  39.95 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  39.41 
 
 		 362 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  39.67 
 
 		 361 aa  248  2e-64  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  39.72 
 
 		 364 aa  248  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  43.91 
 
 		 364 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  41.34 
 
 		 369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  41.55 
 
 		 369 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  42.06 
 
 		 353 aa  230  3e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.82 
 
 		 362 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  42.17 
 
 		 369 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  41.26 
 
 		 369 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  41.26 
 
 		 369 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.61 
 
 		 353 aa  228  9e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  40.78 
 
 		 369 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  43.06 
 
 		 352 aa  226  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  40.97 
 
 		 369 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.53 
 
 		 340 aa  222  6e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.82 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  42.14 
 
 		 355 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.54 
 
 		 355 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.57 
 
 		 354 aa  216  4e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 		 355 aa  215  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.66 
 
 		 353 aa  197  3e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  35.33 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  35.15 
 
 		 341 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  32.18 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  28.86 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  28.86 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  28.86 
 
 		 335 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  34.85 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.62 
 
 		 355 aa  154  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.81 
 
 		 350 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.68 
 
 		 732 aa  152  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  33.82 
 
 		 336 aa  152  8e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  35.24 
 
 		 343 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  34.51 
 
 		 350 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  34.24 
 
 		 341 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  33.94 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  31.01 
 
 		 348 aa  150  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2806  malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2835  Ldh family oxidoreductase  32.55 
 
 		 344 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129302  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  33.33 
 
 		 343 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2854  malate/L-lactate dehydrogenase  32.26 
 
 		 352 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.803203  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  30.42 
 
 		 376 aa  145  1e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.21 
 
 		 383 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  34.21 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2947  malate/L-lactate dehydrogenase  32.56 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.353737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.4 
 
 		 367 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.83 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  27.07 
 
 		 345 aa  140  3e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  29.8 
 
 		 336 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.85 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.84 
 
 		 357 aa  139  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0320  malate dehydrogenase (NAD)  28.14 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3972  malate/L-lactate dehydrogenase  30.63 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.901224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  28.37 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  34.72 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  26.94 
 
 		 358 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.17 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  29.1 
 
 		 351 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  34.62 
 
 		 356 aa  130  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.64 
 
 		 359 aa  129  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  25.56 
 
 		 347 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.69 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  28.11 
 
 		 361 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  33.33 
 
 		 345 aa  128  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3383  malate/L-lactate dehydrogenase  31.4 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245063 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  25.56 
 
 		 347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  30.85 
 
 		 340 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  30.85 
 
 		 340 aa  127  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  30.15 
 
 		 351 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  30.57 
 
 		 362 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  25.76 
 
 		 347 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.7 
 
 		 364 aa  124  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  31.69 
 
 		 340 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  31.41 
 
 		 340 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  26.7 
 
 		 375 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.64 
 
 		 353 aa  123  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7014  malate dehydrogenase  29.34 
 
 		 349 aa  123  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.293243  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  35 
 
 		 329 aa  123  6e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  34.29 
 
 		 339 aa  123  6e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2393  malate/L-lactate dehydrogenase  30.18 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>