203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4277 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1710  malate/L-lactate dehydrogenase  90.03 
 
 		 361 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3587  malate/L-lactate dehydrogenase  91.97 
 
 		 366 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4277  Malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 361 aa  726    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  75.9 
 
 		 361 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  73.41 
 
 		 361 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  55.4 
 
 		 356 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  54.49 
 
 		 358 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  54.42 
 
 		 378 aa  371  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  41.93 
 
 		 367 aa  258  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  44.35 
 
 		 364 aa  256  6e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  43.85 
 
 		 353 aa  252  6e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  39.44 
 
 		 368 aa  243  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  42.78 
 
 		 352 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  39.18 
 
 		 369 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  38.9 
 
 		 369 aa  235  9e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  38.63 
 
 		 369 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  38.63 
 
 		 369 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  37.54 
 
 		 361 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  38.63 
 
 		 369 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  38.63 
 
 		 369 aa  233  5e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  37.25 
 
 		 361 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.25 
 
 		 361 aa  232  6e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  37.25 
 
 		 361 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  37.25 
 
 		 361 aa  232  6e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  37.25 
 
 		 361 aa  232  6e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  37.25 
 
 		 361 aa  232  6e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  37.54 
 
 		 361 aa  232  8.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  37.54 
 
 		 361 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  38.89 
 
 		 364 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  38.36 
 
 		 369 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  37.74 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  38.32 
 
 		 364 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  38.12 
 
 		 340 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  36.73 
 
 		 362 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.93 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.45 
 
 		 354 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.77 
 
 		 355 aa  202  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.59 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  38.18 
 
 		 355 aa  193  3e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.74 
 
 		 353 aa  189  7e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.32 
 
 		 353 aa  184  3e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  30.75 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.38 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  31.71 
 
 		 336 aa  162  1e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.19 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.83 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3319  ureidoglycolate dehydrogenase  29.21 
 
 		 335 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.910608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3243  ureidoglycolate dehydrogenase  29.21 
 
 		 335 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3327  ureidoglycolate dehydrogenase  29.21 
 
 		 335 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.388816 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.78 
 
 		 359 aa  157  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.64 
 
 		 361 aa  156  7e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0320  malate dehydrogenase (NAD)  33.24 
 
 		 381 aa  154  2e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.29 
 
 		 367 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  33.03 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.521695  normal  0.0724165 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.78 
 
 		 349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3304  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  31.03 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0489391 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.12 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  29.97 
 
 		 362 aa  144  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.62 
 
 		 353 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.21 
 
 		 372 aa  139  7e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  27.3 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  30.25 
 
 		 348 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.36 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.62 
 
 		 364 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3548  malate/L-lactate dehydrogenase  30.29 
 
 		 358 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0039901  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  27.17 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  27.46 
 
 		 347 aa  133  5e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  29.5 
 
 		 375 aa  132  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  28.85 
 
 		 376 aa  132  7.999999999999999e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2567  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  32.65 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  27.46 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  26 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  29.69 
 
 		 348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  31.14 
 
 		 334 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4453  malate/L-lactate dehydrogenase  30.14 
 
 		 337 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.6 
 
 		 732 aa  126  5e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3134  delta1-piperideine 2-carboxylate reductase  30.11 
 
 		 350 aa  125  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.43 
 
 		 353 aa  124  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2481  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.83 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.295713  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  24.86 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1597  2,3-diketo-L-gulonate reductase  27.01 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  27.02 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.02 
 
 		 349 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  27.02 
 
 		 349 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3293  malate/L-lactate dehydrogenase  29.02 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.769651  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.41 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  31.19 
 
 		 341 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  30.95 
 
 		 332 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3547  malate/L-lactate dehydrogenase  31.49 
 
 		 340 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.312581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  26.11 
 
 		 351 aa  119  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2143  malate/L-lactate dehydrogenase  29.24 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4028  malate/L-lactate dehydrogenase  31.87 
 
 		 340 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0113292  normal  0.352643 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.28 
 
 		 344 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  30.51 
 
 		 341 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2359  ureidoglycolate dehydrogenase  29.79 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0799414  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5300  malate/L-lactate dehydrogenase  28.45 
 
 		 352 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4230  malate/L-lactate dehydrogenase  31.14 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.867251  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4136  malate/L-lactate dehydrogenase  31.14 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00167643  normal  0.196553 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1898  malate/L-lactate dehydrogenase  31.14 
 
 		 340 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  28.74 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>