202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1845 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  94.65 
 
 		 355 aa  705    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 355 aa  735    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  74.79 
 
 		 354 aa  554  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  72.52 
 
 		 353 aa  533  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  44.73 
 
 		 368 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  45.14 
 
 		 367 aa  277  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  44.06 
 
 		 355 aa  273  3e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  45.53 
 
 		 364 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  43.18 
 
 		 362 aa  266  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  42.9 
 
 		 369 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  40.92 
 
 		 361 aa  253  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  40.23 
 
 		 361 aa  252  6e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  40.35 
 
 		 361 aa  251  1e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  40.35 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  40.35 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  42.33 
 
 		 369 aa  251  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  40.35 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  40.35 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  40.35 
 
 		 361 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  40.06 
 
 		 361 aa  250  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  42.05 
 
 		 369 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  42.05 
 
 		 369 aa  248  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  42.94 
 
 		 353 aa  247  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  41.19 
 
 		 369 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  41.19 
 
 		 369 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  41.19 
 
 		 369 aa  246  6e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  41.95 
 
 		 352 aa  239  5e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  41.03 
 
 		 362 aa  239  5.999999999999999e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  40.06 
 
 		 340 aa  233  3e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1300  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.1 
 
 		 340 aa  230  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  37.07 
 
 		 350 aa  222  9e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1498  hypothetical protein  40.72 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  41.72 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  38.2 
 
 		 356 aa  219  7.999999999999999e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  37.54 
 
 		 378 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  36.97 
 
 		 358 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  35.49 
 
 		 361 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1710  malate/L-lactate dehydrogenase  35.11 
 
 		 361 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.376273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3587  malate/L-lactate dehydrogenase  34.17 
 
 		 366 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.787615  normal  0.77685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4277  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.77 
 
 		 361 aa  202  8e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073979  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1699  malate/L-lactate dehydrogenase  34.37 
 
 		 361 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.732522 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.85 
 
 		 353 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  31.03 
 
 		 367 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  30.41 
 
 		 345 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5908  malate/L-lactate dehydrogenase  31.21 
 
 		 348 aa  139  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.767932  normal  0.259263 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.48 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0576  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.82 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.939938  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.99 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  30.82 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03427  2,3-diketo-L-gulonate dehydrogenase, NADH-dependent  27.35 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0135  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.35 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03378  hypothetical protein  27.35 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0139  2,3-diketo-L-gulonate reductase  27.35 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3779  2,3-diketo-L-gulonate reductase  27.35 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  29.18 
 
 		 347 aa  132  7.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4072  2,3-diketo-L-gulonate reductase  27.06 
 
 		 332 aa  132  9e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3947  2,3-diketo-L-gulonate reductase  27.06 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0241  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  31.79 
 
 		 345 aa  131  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  29.18 
 
 		 347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3898  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.76 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.29 
 
 		 349 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1597  2,3-diketo-L-gulonate reductase  28.53 
 
 		 334 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.68 
 
 		 372 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.2 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3933  2,3-diketo-L-gulonate reductase  27.06 
 
 		 332 aa  126  6e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3866  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.61 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4053  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.61 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.771616  normal  0.431121 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3882  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.61 
 
 		 332 aa  126  7e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3991  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.61 
 
 		 332 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.242343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3946  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.61 
 
 		 332 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  30.84 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.84 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  29.84 
 
 		 349 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  27.74 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3889  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.55 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3591  malate/L-lactate dehydrogenase  30.95 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.127948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.63 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  29.52 
 
 		 349 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  30.27 
 
 		 336 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4997  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  31.61 
 
 		 344 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3692  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.25 
 
 		 332 aa  119  9e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.415676  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0715  malate/L-lactate dehydrogenase  25.55 
 
 		 358 aa  119  9e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0248674  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.09 
 
 		 357 aa  119  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2181  malate/L-lactate dehydrogenase  30.56 
 
 		 341 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.730994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3972  malate/L-lactate dehydrogenase  27.86 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.901224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2325  malate/L-lactate dehydrogenase  30.56 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.18 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.3 
 
 		 359 aa  116  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  28.9 
 
 		 334 aa  116  5e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  28.25 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  26.91 
 
 		 376 aa  115  8.999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07633  malate/L-lactate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G13810)  27.38 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.571482 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.9 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0759  2,3-diketo-L-gulonate reductase  26.84 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00167663  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00467  ureidoglycolate dehydrogenase  27.46 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  27.43 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1065  malate/L-lactate dehydrogenase  26.16 
 
 		 375 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333452  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  27.43 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0618  ureidoglycolate dehydrogenase  27.46 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0555  ureidoglycolate dehydrogenase  27.46 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>