More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1517 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1517  hypothetical protein  100 
 
 		 434 aa  845    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845937  normal  0.47549 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1276  inner-membrane translocator  66.21 
 
 		 441 aa  591  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.521519 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2157  inner-membrane translocator  69.05 
 
 		 443 aa  586  1e-166  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0922  inner-membrane translocator  69.46 
 
 		 431 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.636778  normal  0.733742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2927  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  71.5 
 
 		 431 aa  544  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1572  inner-membrane translocator  71.01 
 
 		 431 aa  541  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.207353  normal  0.412707 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3928  inner-membrane translocator  68.46 
 
 		 446 aa  506  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  41.23 
 
 		 314 aa  206  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 314 aa  176  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  35.23 
 
 		 317 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  28.39 
 
 		 449 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  27.65 
 
 		 377 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0332  inner-membrane translocator  27.65 
 
 		 377 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 339 aa  124  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  28.84 
 
 		 504 aa  123  5e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 307 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  31.48 
 
 		 393 aa  120  6e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4883  inner-membrane translocator  26.3 
 
 		 377 aa  110  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.858319 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  30.82 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1581  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 363 aa  107  5e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2097  inner-membrane translocator  28.21 
 
 		 440 aa  104  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.877591  normal  0.0148892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  26.44 
 
 		 398 aa  103  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  33.81 
 
 		 353 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3705  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 377 aa  101  3e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0444  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 359 aa  100  6e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 336 aa  100  7e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  25.98 
 
 		 399 aa  99.8  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  27.21 
 
 		 295 aa  99  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  30.98 
 
 		 294 aa  99  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0590  inner-membrane translocator  27.02 
 
 		 363 aa  97.4  4e-19  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.293157  hitchhiker  0.0000778251 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 358 aa  97.1  5e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.11 
 
 		 332 aa  96.7  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2771  inner-membrane translocator  28.83 
 
 		 371 aa  95.5  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.176563  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 340 aa  95.9  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 407 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 330 aa  93.6  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 358 aa  93.6  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  30.89 
 
 		 295 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  25.44 
 
 		 349 aa  93.2  9e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 358 aa  92.4  1e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  29.55 
 
 		 329 aa  92.4  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 359 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  31.75 
 
 		 356 aa  92  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  26.64 
 
 		 358 aa  92  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  27.81 
 
 		 318 aa  92  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  28.25 
 
 		 318 aa  92  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  30.36 
 
 		 378 aa  91.3  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1040  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 436 aa  91.3  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  29.34 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  30.15 
 
 		 320 aa  90.9  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.74 
 
 		 418 aa  90.9  4e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.9  4e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 389 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 358 aa  90.1  7e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.23 
 
 		 389 aa  90.1  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  28.47 
 
 		 456 aa  89.7  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1207  inner-membrane translocator  27.14 
 
 		 541 aa  89.7  9e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0120652  normal  0.236247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 375 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  29.51 
 
 		 389 aa  89.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 375 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  27.46 
 
 		 368 aa  88.2  2e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.3 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.18 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.91 
 
 		 428 aa  88.6  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 327 aa  88.6  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.91 
 
 		 428 aa  88.2  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.28 
 
 		 389 aa  87.8  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 363 aa  87.4  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 295 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  26.42 
 
 		 407 aa  87  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  31.84 
 
 		 463 aa  87  6e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  27.7 
 
 		 357 aa  87  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  27.11 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 389 aa  86.7  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  28.92 
 
 		 389 aa  86.7  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 389 aa  86.7  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.09 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  27.89 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  28.91 
 
 		 435 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.54 
 
 		 322 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  27.86 
 
 		 384 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1157  inner-membrane translocator  26.11 
 
 		 322 aa  85.5  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0991659  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2889  inner-membrane translocator  26.82 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  30.69 
 
 		 439 aa  85.1  0.000000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.09 
 
 		 424 aa  85.5  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  25.08 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.08 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.08 
 
 		 425 aa  84.7  0.000000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  25.08 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.12 
 
 		 423 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.08 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.08 
 
 		 425 aa  84.3  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>