More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1289 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  100 
 
 		 399 aa  786    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  97.74 
 
 		 398 aa  748    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  81.62 
 
 		 358 aa  578  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  79.39 
 
 		 358 aa  565  1e-160  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  79.67 
 
 		 358 aa  567  1e-160  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  76.03 
 
 		 363 aa  547  1e-154  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  79.55 
 
 		 359 aa  538  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3000  inner-membrane translocator  80.22 
 
 		 358 aa  529  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.463363  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  74.93 
 
 		 368 aa  511  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3207  inner-membrane translocator  77.46 
 
 		 370 aa  508  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.517892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3795  inner-membrane translocator  78.74 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0760  inner-membrane translocator  73.35 
 
 		 361 aa  454  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000323795 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  61.98 
 
 		 384 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  60.65 
 
 		 389 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  60.05 
 
 		 389 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  60.65 
 
 		 389 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  59.51 
 
 		 389 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  58.92 
 
 		 389 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  60.05 
 
 		 389 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  58.92 
 
 		 389 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  58.92 
 
 		 389 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  59.19 
 
 		 389 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  58.86 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.86 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.86 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  58.11 
 
 		 389 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  60.44 
 
 		 389 aa  434  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.58 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  58.86 
 
 		 389 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  58.86 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  58.86 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  58.86 
 
 		 389 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6113  inner-membrane translocator  61.31 
 
 		 389 aa  428  1e-119  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  61.8 
 
 		 375 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  63.66 
 
 		 378 aa  426  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2727  inner-membrane translocator  61.43 
 
 		 385 aa  426  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  61.8 
 
 		 375 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  58.15 
 
 		 389 aa  423  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  62.88 
 
 		 363 aa  403  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  60.34 
 
 		 353 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  55.27 
 
 		 373 aa  362  5.0000000000000005e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2550  inner-membrane translocator  63.61 
 
 		 370 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  48.01 
 
 		 452 aa  259  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 454 aa  259  6e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  44.57 
 
 		 454 aa  250  4e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1861  inner-membrane translocator  43.02 
 
 		 449 aa  247  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.308242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  44.25 
 
 		 423 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  44.19 
 
 		 398 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  44.2 
 
 		 474 aa  244  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  44.11 
 
 		 463 aa  243  6e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  45.07 
 
 		 443 aa  241  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  42.94 
 
 		 484 aa  241  2e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0343  inner-membrane translocator  47.48 
 
 		 470 aa  238  1e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 463 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  45.92 
 
 		 407 aa  238  1e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  45.4 
 
 		 418 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  44.66 
 
 		 418 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  43.09 
 
 		 460 aa  237  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  44.92 
 
 		 464 aa  235  9e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  45.1 
 
 		 412 aa  234  2.0000000000000002e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.32 
 
 		 421 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2030  inner-membrane translocator  41.58 
 
 		 385 aa  233  5e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.710077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  45.03 
 
 		 421 aa  233  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  46.4 
 
 		 475 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  46.23 
 
 		 415 aa  232  9e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.54 
 
 		 418 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  43.2 
 
 		 463 aa  231  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  43.94 
 
 		 463 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.47 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2652  inner-membrane translocator  43.31 
 
 		 477 aa  230  3e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000103128  hitchhiker  0.00512558 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.94 
 
 		 459 aa  230  4e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.19 
 
 		 418 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  43.8 
 
 		 463 aa  229  7e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3375  inner-membrane translocator  42.73 
 
 		 390 aa  229  8e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.95 
 
 		 427 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.95 
 
 		 423 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.95 
 
 		 427 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  40.66 
 
 		 372 aa  228  2e-58  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.9 
 
 		 418 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.64 
 
 		 459 aa  227  3e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 456 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  43.66 
 
 		 433 aa  224  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 461 aa  223  4e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 435 aa  223  4e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.35 
 
 		 423 aa  223  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  44.84 
 
 		 407 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  44.37 
 
 		 327 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3901  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 505 aa  219  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.595093 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2843  inner-membrane translocator  43.12 
 
 		 391 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.123701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3572  inner-membrane translocator  42.81 
 
 		 381 aa  219  5e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0134037 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.66 
 
 		 423 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  42.78 
 
 		 435 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3018  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 390 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.199444  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  40.91 
 
 		 389 aa  218  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.13 
 
 		 424 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  43.49 
 
 		 433 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3033  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 390 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235152  normal  0.243359 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 426 aa  218  1e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.31 
 
 		 428 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.31 
 
 		 428 aa  217  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>