More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0343 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0343  inner-membrane translocator  100 
 
 		 470 aa  897    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2039  inner-membrane translocator  62.67 
 
 		 478 aa  430  1e-119  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.898737  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  54.98 
 
 		 435 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5684  inner-membrane translocator  44.66 
 
 		 477 aa  323  5e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5537  inner-membrane translocator  49.69 
 
 		 385 aa  255  9e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 399 aa  254  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  45.17 
 
 		 398 aa  252  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  47.59 
 
 		 353 aa  248  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  50 
 
 		 372 aa  249  1e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  49.53 
 
 		 389 aa  249  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  45.76 
 
 		 389 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  47.52 
 
 		 407 aa  247  3e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.77 
 
 		 389 aa  245  9e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  47.17 
 
 		 376 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  44.03 
 
 		 389 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.41 
 
 		 389 aa  244  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  44.1 
 
 		 389 aa  244  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.82 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  44.38 
 
 		 389 aa  241  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  44.57 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.82 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  43.82 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  43.82 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  43.82 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  43.82 
 
 		 389 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  42.77 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  44 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  44 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  44.38 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  44 
 
 		 389 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.13 
 
 		 389 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  42.97 
 
 		 454 aa  239  5.999999999999999e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  42.98 
 
 		 389 aa  239  8e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  44.51 
 
 		 384 aa  239  9e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  45.4 
 
 		 439 aa  239  1e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  44.26 
 
 		 378 aa  238  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  46.56 
 
 		 398 aa  236  7e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  46.67 
 
 		 415 aa  234  3e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  43.95 
 
 		 463 aa  234  4.0000000000000004e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3058  inner-membrane translocator  42.77 
 
 		 408 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.12681  hitchhiker  0.000339523 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  45.17 
 
 		 358 aa  231  3e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 375 aa  230  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  41.21 
 
 		 375 aa  230  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  44.86 
 
 		 358 aa  229  7e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2857  inner-membrane translocator  48.89 
 
 		 393 aa  229  9e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102974  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  47.74 
 
 		 368 aa  228  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  42.16 
 
 		 454 aa  228  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6113  inner-membrane translocator  44.09 
 
 		 389 aa  228  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1861  inner-membrane translocator  44.14 
 
 		 449 aa  227  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.308242  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  46.53 
 
 		 327 aa  226  7e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  45.16 
 
 		 321 aa  226  9e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  44.16 
 
 		 358 aa  225  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2727  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 385 aa  224  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  45.68 
 
 		 363 aa  223  4.9999999999999996e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  45.26 
 
 		 386 aa  222  9e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  44.83 
 
 		 373 aa  222  9.999999999999999e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3375  inner-membrane translocator  45.21 
 
 		 390 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3018  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 390 aa  219  6e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.199444  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3033  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 390 aa  219  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235152  normal  0.243359 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3000  inner-membrane translocator  44.69 
 
 		 358 aa  219  8.999999999999998e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.463363  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  45.68 
 
 		 363 aa  219  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2843  inner-membrane translocator  43.27 
 
 		 391 aa  218  1e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.123701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3572  inner-membrane translocator  42.98 
 
 		 381 aa  216  9e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0134037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  44.05 
 
 		 359 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  40.23 
 
 		 463 aa  214  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.44 
 
 		 423 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.9 
 
 		 418 aa  213  7.999999999999999e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  43.86 
 
 		 423 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3148  inner-membrane translocator  45.54 
 
 		 390 aa  211  3e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.178722  normal  0.58518 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.91 
 
 		 423 aa  210  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.91 
 
 		 427 aa  210  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.68 
 
 		 427 aa  209  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2652  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 477 aa  207  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000000103128  hitchhiker  0.00512558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  41.29 
 
 		 463 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.16 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.16 
 
 		 428 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 452 aa  207  4e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.48 
 
 		 423 aa  206  9e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3207  inner-membrane translocator  44.73 
 
 		 370 aa  205  1e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.517892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 463 aa  205  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3094  ABC transporter related  42.41 
 
 		 660 aa  204  3e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  42.9 
 
 		 443 aa  204  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.19 
 
 		 418 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  42.54 
 
 		 460 aa  203  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.26 
 
 		 418 aa  203  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.58 
 
 		 424 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  39.51 
 
 		 461 aa  202  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.9 
 
 		 418 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.41 
 
 		 424 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.22 
 
 		 459 aa  201  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.6 
 
 		 418 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.72 
 
 		 421 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 456 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 463 aa  200  5e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.6 
 
 		 418 aa  199  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.9 
 
 		 425 aa  199  9e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.9 
 
 		 459 aa  198  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.1 
 
 		 412 aa  198  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>