More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3928 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3928  inner-membrane translocator  100 
 
 		 446 aa  851    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1276  inner-membrane translocator  60.87 
 
 		 441 aa  513  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.521519 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1517  hypothetical protein  66.59 
 
 		 434 aa  479  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845937  normal  0.47549 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2157  inner-membrane translocator  60.19 
 
 		 443 aa  469  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0922  inner-membrane translocator  64.3 
 
 		 431 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.636778  normal  0.733742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1572  inner-membrane translocator  65.04 
 
 		 431 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.207353  normal  0.412707 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2927  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  64.79 
 
 		 431 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  32.93 
 
 		 317 aa  140  4.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 377 aa  127  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0332  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 377 aa  126  9e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 307 aa  125  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  33.07 
 
 		 393 aa  117  3e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 339 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4883  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 377 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.858319 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 449 aa  109  1e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  31.52 
 
 		 456 aa  105  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 504 aa  105  1e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 399 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.95 
 
 		 423 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  28 
 
 		 407 aa  100  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 407 aa  100  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0444  inner-membrane translocator  28.33 
 
 		 359 aa  100  6e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 353 aa  100  7e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  32.05 
 
 		 332 aa  99.8  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 295 aa  99.8  9e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  27.25 
 
 		 349 aa  99.8  9e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3705  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 377 aa  99.8  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.48 
 
 		 418 aa  99.4  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 294 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0343  inner-membrane translocator  29.46 
 
 		 470 aa  98.6  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 358 aa  99  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  34.1 
 
 		 327 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3000  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 358 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.463363  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 358 aa  98.6  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  28.93 
 
 		 328 aa  98.2  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  30.88 
 
 		 463 aa  97.8  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 358 aa  97.8  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  30.28 
 
 		 415 aa  97.4  4e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  26.62 
 
 		 347 aa  97.4  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 336 aa  97.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  25.69 
 
 		 357 aa  97.1  6e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1581  inner-membrane translocator  27.36 
 
 		 363 aa  97.1  7e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.18 
 
 		 418 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 330 aa  95.9  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.31 
 
 		 424 aa  96.3  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.1 
 
 		 428 aa  96.3  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 320 aa  96.3  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.51 
 
 		 459 aa  95.1  2e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.19 
 
 		 443 aa  95.1  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.86 
 
 		 463 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.18 
 
 		 418 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 386 aa  95.1  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 340 aa  95.5  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.18 
 
 		 418 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 389 aa  95.1  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  33.57 
 
 		 359 aa  95.5  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.18 
 
 		 418 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  32 
 
 		 329 aa  94.7  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.2 
 
 		 423 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.77 
 
 		 428 aa  94.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.2 
 
 		 427 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.2 
 
 		 427 aa  94.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  31.2 
 
 		 345 aa  94.4  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.51 
 
 		 459 aa  94  5e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2097  inner-membrane translocator  29.22 
 
 		 440 aa  94  5e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.877591  normal  0.0148892 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 363 aa  94  5e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 295 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0590  inner-membrane translocator  27.34 
 
 		 363 aa  93.6  7e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.293157  hitchhiker  0.0000778251 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  30.21 
 
 		 463 aa  93.2  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 474 aa  93.2  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 389 aa  92.8  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.72 
 
 		 421 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  31.69 
 
 		 368 aa  92.8  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.71 
 
 		 423 aa  92.4  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.89 
 
 		 424 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.72 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.92 
 
 		 412 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.56 
 
 		 389 aa  92  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.36 
 
 		 425 aa  92  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  30.08 
 
 		 484 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.71 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.97 
 
 		 424 aa  92.4  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  30.34 
 
 		 398 aa  91.3  3e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  31.91 
 
 		 389 aa  91.3  3e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 373 aa  91.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.58 
 
 		 425 aa  91.3  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  29.71 
 
 		 372 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.33 
 
 		 423 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1207  inner-membrane translocator  29.67 
 
 		 541 aa  90.9  4e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0120652  normal  0.236247 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.33 
 
 		 423 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.33 
 
 		 423 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  30.22 
 
 		 439 aa  90.9  4e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2771  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 371 aa  91.3  4e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.176563  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2210  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  34.07 
 
 		 456 aa  90.5  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.689313  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  36.19 
 
 		 326 aa  90.9  5e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.46 
 
 		 425 aa  90.1  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>