More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_1183 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  100 
 
 		 328 aa  641    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  65.65 
 
 		 329 aa  401  1e-111  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1230  inner-membrane translocator  52.01 
 
 		 322 aa  318  1e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000382884 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1157  inner-membrane translocator  52.01 
 
 		 322 aa  300  2e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0991659  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3014  inner-membrane translocator  51.06 
 
 		 330 aa  294  1e-78  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2889  inner-membrane translocator  46.34 
 
 		 329 aa  291  2e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1973  inner-membrane translocator  49.25 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.267992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2204  inner-membrane translocator  49.85 
 
 		 328 aa  258  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0107  inner-membrane translocator  45.26 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.430419  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3204  inner-membrane translocator  48.18 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3967  inner-membrane translocator  39.75 
 
 		 322 aa  213  4.9999999999999996e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  41.27 
 
 		 320 aa  213  4.9999999999999996e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1894  integral membrane protein of the ABC-type Nat permease for neutral amino acids  36.93 
 
 		 359 aa  203  3e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0493707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0658  inner-membrane translocator  38.98 
 
 		 325 aa  172  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  35.75 
 
 		 504 aa  171  1e-41  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 393 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 449 aa  160  3e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  36.42 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  32.8 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4883  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 377 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.858319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 294 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 295 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 459 aa  131  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.59 
 
 		 418 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.01 
 
 		 459 aa  129  6e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  31.37 
 
 		 463 aa  129  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  40.94 
 
 		 377 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0332  inner-membrane translocator  40.94 
 
 		 377 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  32.47 
 
 		 372 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5684  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 477 aa  127  2.0000000000000002e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2843  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 391 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.123701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  32.15 
 
 		 460 aa  127  3e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 463 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 463 aa  125  7e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3572  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 381 aa  125  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0134037 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3058  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 408 aa  124  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.12681  hitchhiker  0.000339523 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 456 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 347 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3705  inner-membrane translocator  41.36 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  34.25 
 
 		 439 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 464 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2771  inner-membrane translocator  42.67 
 
 		 371 aa  121  1.9999999999999998e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.176563  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  36.25 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.5 
 
 		 421 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.87 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 461 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1040  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 436 aa  119  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.37 
 
 		 423 aa  119  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.18 
 
 		 423 aa  119  9e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3033  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 390 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235152  normal  0.243359 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 426 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3018  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.199444  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1581  inner-membrane translocator  27.58 
 
 		 363 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.47 
 
 		 421 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 475 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 326 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.08 
 
 		 412 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.97 
 
 		 418 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.97 
 
 		 418 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.97 
 
 		 418 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  32 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 389 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 474 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.12 
 
 		 418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.77 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.98 
 
 		 417 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.6 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.6 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.6 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  30.26 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 424 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.6 
 
 		 389 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  28.85 
 
 		 423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.6 
 
 		 389 aa  113  3e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.29 
 
 		 417 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  29.6 
 
 		 389 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 389 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.85 
 
 		 428 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.85 
 
 		 428 aa  113  5e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.48 
 
 		 424 aa  113  5e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 389 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 318 aa  112  9e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  31.03 
 
 		 435 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0590  inner-membrane translocator  27.48 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.293157  hitchhiker  0.0000778251 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  29.66 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.29 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.98 
 
 		 423 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>