More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3415 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  100 
 
 		 295 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  59.06 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  55.67 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  55.63 
 
 		 295 aa  268  8e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 314 aa  215  8e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  43.48 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 393 aa  199  5e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 504 aa  175  7e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3967  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 322 aa  173  1.9999999999999998e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  35.18 
 
 		 449 aa  171  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  41.12 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  36.42 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  37.33 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0658  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 325 aa  155  8e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4469  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 295 aa  152  4e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1828  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 339 aa  144  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.87 
 
 		 423 aa  142  7e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.5 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.5 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.5 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.5 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.5 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 347 aa  142  9e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  35.54 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 389 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.5 
 
 		 389 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 389 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.84 
 
 		 423 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.19 
 
 		 389 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.81 
 
 		 412 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.84 
 
 		 427 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.84 
 
 		 427 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 389 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 329 aa  139  4.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 328 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 456 aa  139  7e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 389 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 389 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20620  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  33.87 
 
 		 439 aa  137  2e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.585319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 372 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  32.71 
 
 		 389 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.5 
 
 		 389 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 389 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 327 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 389 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 389 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 389 aa  135  9e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 341 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  32.38 
 
 		 339 aa  134  9.999999999999999e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.31 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.27 
 
 		 389 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.04 
 
 		 417 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.04 
 
 		 417 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 318 aa  133  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.84 
 
 		 427 aa  132  5e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3390  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.635342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 407 aa  132  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 399 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 376 aa  132  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 345 aa  132  6e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 398 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2889  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 329 aa  132  7.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.36 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.36 
 
 		 418 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 340 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.36 
 
 		 418 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.36 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3014  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 330 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 347 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 353 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 358 aa  130  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.52 
 
 		 424 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 326 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  30.49 
 
 		 349 aa  130  3e-29  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.72 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 386 aa  129  6e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 415 aa  129  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 407 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  32.48 
 
 		 463 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.84 
 
 		 423 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.29 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6113  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 389 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.04 
 
 		 418 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5684  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 477 aa  126  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3375  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 390 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.52 
 
 		 423 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>