More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1276 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1276  inner-membrane translocator  100 
 
 		 441 aa  866    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.521519 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2157  inner-membrane translocator  66.51 
 
 		 443 aa  558  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0922  inner-membrane translocator  72.13 
 
 		 431 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.636778  normal  0.733742 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2927  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  71.88 
 
 		 431 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1517  hypothetical protein  66.21 
 
 		 434 aa  536  1e-151  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845937  normal  0.47549 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1572  inner-membrane translocator  72.13 
 
 		 431 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.207353  normal  0.412707 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3928  inner-membrane translocator  62.71 
 
 		 446 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 314 aa  210  3e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 314 aa  162  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  33.45 
 
 		 317 aa  131  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  31.13 
 
 		 449 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 393 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 307 aa  119  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  29.25 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0332  inner-membrane translocator  26.99 
 
 		 377 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  26.99 
 
 		 377 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 339 aa  111  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 295 aa  108  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0590  inner-membrane translocator  29.1 
 
 		 363 aa  104  4e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.293157  hitchhiker  0.0000778251 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 294 aa  103  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  29.02 
 
 		 328 aa  101  3e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1581  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 363 aa  99.4  1e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2097  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 440 aa  97.8  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.877591  normal  0.0148892 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 329 aa  97.4  4e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.24 
 
 		 423 aa  97.4  4e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0444  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 359 aa  97.1  6e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3705  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 377 aa  95.9  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  30.77 
 
 		 332 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.55 
 
 		 418 aa  94  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2889  inner-membrane translocator  27.13 
 
 		 329 aa  94  5e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  29.5 
 
 		 358 aa  93.6  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  27.8 
 
 		 407 aa  93.6  7e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1207  inner-membrane translocator  26.81 
 
 		 541 aa  92.8  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0120652  normal  0.236247 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  28.42 
 
 		 349 aa  92.8  1e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.24 
 
 		 427 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.24 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  27.24 
 
 		 427 aa  92  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  29.19 
 
 		 336 aa  91.7  3e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1760  inner-membrane translocator  29.04 
 
 		 361 aa  90.9  4e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0155295  hitchhiker  0.000793372 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  28.1 
 
 		 407 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  28.32 
 
 		 463 aa  90.9  4e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4883  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 377 aa  90.1  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.858319 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.16 
 
 		 421 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  27.76 
 
 		 353 aa  89.4  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  32.16 
 
 		 327 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.47 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  32.7 
 
 		 356 aa  89.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.94 
 
 		 418 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  32.44 
 
 		 435 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 340 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 454 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  28.37 
 
 		 389 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  26.42 
 
 		 357 aa  88.6  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1040  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 436 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.31243 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  28.26 
 
 		 326 aa  88.2  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  27.87 
 
 		 389 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.66 
 
 		 417 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 353 aa  87.8  4e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 407 aa  87.8  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.65 
 
 		 418 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.65 
 
 		 418 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  28.11 
 
 		 456 aa  87.4  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2955  inner-membrane translocator  27.38 
 
 		 386 aa  87.4  5e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.678807  normal  0.182209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  24.86 
 
 		 418 aa  87  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 433 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.65 
 
 		 418 aa  87  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.14 
 
 		 421 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.66 
 
 		 417 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 443 aa  86.7  8e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3375  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 390 aa  86.7  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  28.72 
 
 		 320 aa  86.3  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 358 aa  86.3  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 295 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  28.37 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  25.67 
 
 		 412 aa  85.9  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  26.45 
 
 		 423 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.52 
 
 		 389 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  28.29 
 
 		 330 aa  85.5  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  26.33 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  26.79 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  25.98 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1894  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 454 aa  84.7  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735841  normal  0.0546266 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  29.68 
 
 		 398 aa  84.7  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  28.52 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  29.56 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.08 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  28.91 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  29.33 
 
 		 399 aa  84.3  0.000000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3000  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 358 aa  84.3  0.000000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.463363  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.71 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 463 aa  84  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>