More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1246 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
282 aa  565  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.87004 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.91 
 
 
282 aa  485  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.2 
 
 
283 aa  434  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.253658  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5739  ABC transporter membrane spanning protein  69.5 
 
 
284 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0642134  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2009  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  60.28 
 
 
283 aa  368  1e-101  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.815195  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.09 
 
 
283 aa  358  4e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.165576  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.54 
 
 
283 aa  353  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.38 
 
 
283 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.38 
 
 
283 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.674911  normal  0.328487 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.03 
 
 
283 aa  351  8e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.823442  normal  0.0985455 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.38 
 
 
283 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0133607 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.03 
 
 
283 aa  350  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.13099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.32 
 
 
283 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.102877 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
283 aa  348  6e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  hitchhiker  0.000196491 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.74 
 
 
283 aa  346  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.38 
 
 
283 aa  345  6e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.548734  normal  0.778236 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2816  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  59.93 
 
 
283 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1182  ABC transporter, permease protein  59.57 
 
 
283 aa  340  2e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.134405  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.32 
 
 
283 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.32 
 
 
283 aa  339  4e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.55 
 
 
283 aa  316  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.55 
 
 
283 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.275  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  44.57 
 
 
291 aa  253  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00114056  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4908  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
299 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.93 
 
 
289 aa  194  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
286 aa  192  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3467  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.54 
 
 
305 aa  187  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.08 
 
 
307 aa  171  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.46 
 
 
304 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
303 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.873498  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
292 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161941  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
314 aa  163  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0270666  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
303 aa  160  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
279 aa  160  2e-38  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0602936  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
295 aa  159  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1115  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.11 
 
 
281 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.86 
 
 
292 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.709264  normal  0.405077 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0867  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  35.36 
 
 
293 aa  157  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.409725  normal  0.329849 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.56 
 
 
314 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1294  glucose ABC transporter, permease protein, putative  34.73 
 
 
281 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
281 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
314 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1941  sugar ABC transporter permease  34.63 
 
 
281 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
281 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0252834  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
281 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
281 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.18 
 
 
281 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250466  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
294 aa  154  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.563894  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23000  putative permease of ABC sugar transporter  34.8 
 
 
281 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.71 
 
 
275 aa  150  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26630  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.01 
 
 
298 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
271 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.71 
 
 
277 aa  150  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.454551  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.56 
 
 
280 aa  149  4e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.94 
 
 
313 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0132188  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.334819 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.17 
 
 
290 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.412321 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.14 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.4 
 
 
289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  29.96 
 
 
292 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
313 aa  145  6e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3659  sugar ABC transporter, permease protein  31.01 
 
 
274 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
288 aa  145  8.000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125554  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1958  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  32.33 
 
 
281 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.126876  normal  0.322373 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.09 
 
 
275 aa  145  1e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
271 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000555714 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.6 
 
 
292 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
315 aa  143  2e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.628431  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.23 
 
 
271 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
274 aa  143  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  hitchhiker  0.000350702 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2327  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.73 
 
 
300 aa  142  4e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00104892  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03070  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.84 
 
 
296 aa  142  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.386443  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
292 aa  142  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
294 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00536554  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
287 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0842  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.29 
 
 
285 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.41 
 
 
294 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.72 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262345 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.23 
 
 
320 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1623  ABC-type sugar transport system permease component-like protein  31.6 
 
 
291 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0563454  normal  0.251798 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.36 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
272 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.691915  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2948  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.95 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.6 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.402719  normal  0.159625 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01770  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.65 
 
 
315 aa  140  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.474975  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.71 
 
 
312 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 
285 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303102  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 
285 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2402  ABC transporter membrane spanning protein  29.68 
 
 
317 aa  140  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.32 
 
 
285 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6267  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3449  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000612368  normal  0.971019 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
285 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0323033  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7937  ABC transporter (permease)  31.85 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.497391 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
270 aa  139  3.9999999999999997e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0466415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4073  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
285 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22339  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0691  sugar ABC transporter, permease protein, putative  29.41 
 
 
293 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166963  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
304 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>