More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5739 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5739  ABC transporter membrane spanning protein  100 
 
 
284 aa  567  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0642134  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.21 
 
 
282 aa  404  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.5 
 
 
282 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.87004 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2009  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  63.25 
 
 
283 aa  380  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.815195  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.37 
 
 
283 aa  374  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.253658  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.19 
 
 
283 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.19 
 
 
283 aa  375  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.674911  normal  0.328487 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.84 
 
 
283 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0133607 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.48 
 
 
283 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.102877 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 
283 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.13099 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.78 
 
 
283 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.165576  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.72 
 
 
283 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.13 
 
 
283 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  hitchhiker  0.000196491 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.07 
 
 
283 aa  364  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.823442  normal  0.0985455 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2816  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  66.43 
 
 
283 aa  360  2e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1182  ABC transporter, permease protein  66.08 
 
 
283 aa  358  6e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.134405  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.01 
 
 
283 aa  346  3e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.548734  normal  0.778236 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.36 
 
 
283 aa  346  3e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.66 
 
 
283 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.66 
 
 
283 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.48 
 
 
283 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.42 
 
 
283 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.275  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  47.29 
 
 
291 aa  254  8e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.13 
 
 
280 aa  229  3e-59  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00114056  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.57 
 
 
289 aa  217  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4908  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
299 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
304 aa  191  9e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3467  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.07 
 
 
305 aa  191  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
307 aa  189  5e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.68 
 
 
286 aa  182  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.78 
 
 
303 aa  172  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.873498  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.01 
 
 
314 aa  165  1.0000000000000001e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0270666  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
292 aa  159  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.709264  normal  0.405077 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.72 
 
 
303 aa  157  2e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3659  sugar ABC transporter, permease protein  35.22 
 
 
274 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23000  putative permease of ABC sugar transporter  32.98 
 
 
281 aa  151  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1115  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.96 
 
 
281 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
320 aa  151  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1941  sugar ABC transporter permease  33.33 
 
 
281 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.59 
 
 
277 aa  150  3e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.454551  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
292 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161941  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
275 aa  149  4e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
281 aa  149  4e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.66 
 
 
279 aa  149  6e-35  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0602936  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.78 
 
 
290 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.412321 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1294  glucose ABC transporter, permease protein, putative  34.59 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.48 
 
 
281 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250466  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
315 aa  147  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.628431  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.36 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.334819 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.98 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.95 
 
 
280 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.829969 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26630  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.27 
 
 
298 aa  145  6e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18656 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.49 
 
 
275 aa  145  9e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.74 
 
 
314 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
294 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.377096 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.94 
 
 
274 aa  144  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
326 aa  144  2e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.63 
 
 
281 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
281 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0252834  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.27 
 
 
281 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01770  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.65 
 
 
315 aa  142  6e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.474975  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14530  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
284 aa  142  7e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000102365  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
273 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.25 
 
 
269 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0867  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  32.99 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.409725  normal  0.329849 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.563894  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.2 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0132188  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.402719  normal  0.159625 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
272 aa  139  4.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.691915  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.12 
 
 
287 aa  139  7e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.723918 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
309 aa  139  7e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.228391  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0942  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.41 
 
 
292 aa  138  7.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.72479 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.46 
 
 
282 aa  138  7.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262345 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.06 
 
 
281 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0094  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.62 
 
 
312 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.14 
 
 
271 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
284 aa  137  2e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2301  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
285 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.866945  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9198  ABC transporter  30.98 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1308  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.82 
 
 
277 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2127  maltose ABC transporter, permease protein, putative  31.7 
 
 
281 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3083  ABC transporter, membrane permease  31.7 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1555  maltose ABC transporter, permease protein, putative  32.08 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.555505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0785  carbohydrate ABC transporter permease  31.7 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.168161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2617  carbohydrate ABC transporter permease  31.7 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2995  carbohydrate ABC transporter permease  31.7 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3049  carbohydrate ABC transporter permease  31.7 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.32241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1995  carbohydrate ABC transporter permease  31.7 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
285 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
275 aa  136  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.03 
 
 
294 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0036  sugar ABC transporter, permease protein  32.29 
 
 
276 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.385725  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  30.69 
 
 
277 aa  135  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.32 
 
 
285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
285 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0323033  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4570  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00536554  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>