More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3485 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
282 aa  567  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1246  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.91 
 
 
282 aa  457  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.87004 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.09 
 
 
283 aa  447  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.253658  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5739  ABC transporter membrane spanning protein  70.21 
 
 
284 aa  385  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0642134  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2009  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  61.7 
 
 
283 aa  371  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.815195  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4588  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
283 aa  360  1e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.165576  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.57 
 
 
283 aa  357  8e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.57 
 
 
283 aa  357  8e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.674911  normal  0.328487 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4575  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
283 aa  356  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0133607 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.22 
 
 
283 aa  355  2.9999999999999997e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.102877 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.87 
 
 
283 aa  355  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.13099 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2349  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.51 
 
 
283 aa  354  6.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.823442  normal  0.0985455 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.96 
 
 
283 aa  354  1e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.87 
 
 
283 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  hitchhiker  0.000196491 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.74 
 
 
283 aa  336  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4878  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.74 
 
 
283 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3287  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.74 
 
 
283 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6026  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.74 
 
 
283 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.548734  normal  0.778236 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2816  putative carbohydrate ABC transporter, permease protein  60.64 
 
 
283 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1182  ABC transporter, permease protein  60.28 
 
 
283 aa  333  2e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.134405  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.9 
 
 
283 aa  312  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.9 
 
 
283 aa  298  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.275  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20500  Monosaccharide-transporting ATPase  43.56 
 
 
291 aa  244  9e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00337016  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
280 aa  207  2e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00114056  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4908  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.7 
 
 
299 aa  195  7e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2393  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 
289 aa  189  4e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3467  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.19 
 
 
305 aa  187  1e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0614  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.04 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.71 
 
 
307 aa  171  9e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.586554 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
304 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0999  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.23 
 
 
314 aa  167  2e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0270666  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.89 
 
 
303 aa  165  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.873498  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0867  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.3 
 
 
293 aa  160  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.409725  normal  0.329849 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1115  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.96 
 
 
281 aa  158  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.539616 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
292 aa  158  9e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.161941  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.38 
 
 
295 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1294  glucose ABC transporter, permease protein, putative  34.21 
 
 
281 aa  155  6e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
281 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
281 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
303 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.11213  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4368  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.18 
 
 
281 aa  152  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.250466  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23000  putative permease of ABC sugar transporter  35.21 
 
 
281 aa  152  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.109316 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1941  sugar ABC transporter permease  35.21 
 
 
281 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1055  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
281 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0252834  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.709264  normal  0.405077 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1015  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
281 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
271 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
294 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.563894  hitchhiker  0.000776541 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
289 aa  149  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.525065  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01770  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.95 
 
 
315 aa  149  7e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.474975  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2335  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
314 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2938  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.334819 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.35 
 
 
282 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.262345 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.13 
 
 
275 aa  145  6e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
309 aa  145  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.228391  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.4 
 
 
279 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0602936  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3341  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.31 
 
 
292 aa  144  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.22127  normal  0.118781 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1958  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  33.45 
 
 
281 aa  144  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.126876  normal  0.322373 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
287 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
285 aa  143  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.587185  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
314 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.18656 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3235  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.44 
 
 
315 aa  142  4e-33  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.628431  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
285 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3456  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 
320 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1623  ABC-type sugar transport system permease component-like protein  34.44 
 
 
291 aa  142  6e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0563454  normal  0.251798 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
271 aa  142  6e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3659  sugar ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
274 aa  142  7e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.38 
 
 
275 aa  142  7e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0842  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
285 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0931  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
285 aa  141  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
274 aa  142  9e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0186  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.08 
 
 
304 aa  141  9e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3083  ABC transporter, membrane permease  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1555  maltose ABC transporter, permease protein, putative  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.555505  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.8 
 
 
281 aa  141  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0491  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303102  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2428  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.86 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0323033  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0785  carbohydrate ABC transporter permease  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.168161  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2617  carbohydrate ABC transporter permease  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152074  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2995  carbohydrate ABC transporter permease  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3049  carbohydrate ABC transporter permease  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.32241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1995  carbohydrate ABC transporter permease  32.51 
 
 
285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0691  sugar ABC transporter, permease protein, putative  31.51 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166963  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2127  maltose ABC transporter, permease protein, putative  32.85 
 
 
281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4073  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.51 
 
 
285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.22339  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0630  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.1 
 
 
285 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0646  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.51 
 
 
293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.313073  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1726  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.71 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0132188  normal  0.483631 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
280 aa  140  3e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3180  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0466415 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.42 
 
 
277 aa  139  4.999999999999999e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.454551  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6355  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
294 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5439  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
272 aa  139  7e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.691915  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26630  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.79 
 
 
298 aa  138  7.999999999999999e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7937  ABC transporter (permease)  32.96 
 
 
305 aa  139  7.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.497391 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
292 aa  138  8.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0036  sugar ABC transporter, permease protein  32.43 
 
 
276 aa  138  1e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.385725  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  32.58 
 
 
278 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>